来自 train/test 的 ROC 曲线设置在插入符 R 包中

Question

我正在绘制一个模型的 ROC 曲线，该模型使用 test/train 集，该集是通过 caret R 包创建的。我要么没有输入正确的数据来绘制，要么遗漏了一些关于创建我的 test/train 集的信息。有什么见解吗？？

*已编辑正确答案

library(caret)
library(mlbench)
set.seed(506)
data(whas)
inTrain <- createDataPartition(y = whas$bin.frail,
p = .75, list = FALSE)
str(inTrain)
training <- whas[ inTrain,]
testing <- whas[-inTrain,]
nrow(training)
nrow(testing)
tc <- trainControl("cv", 10, savePredictions=T)  #"cv" = cross-validation, 10-fold
mod1 <- train(bin.frail ~ ,
                      data      = training    ,
                      method    = "glm"    ,
                      family    = binomial ,
                      trControl = tc)

library(pROC)
mod1pred<- predict(mod1, newdata=testingresponse="prob")
plot(roc(testing$bin.frail, mod1pred[[2]]), print.auc=TRUE, col="red", 
xlim=c(0,1))

Answer 1

如果没有可重现的答案，很难确定，但可能您的响应变量 bin.frail 不是数字。例如，它可能使用字母进行编码（例如 "Y"、"N"）；或作为一个因素存储的数字。您可以使用 is.numeric(whas$bin.frail).

进行检查

附带说明一下，在您对 roc() 的调用中，看起来 mod1pred 是根据您的训练数据创建的，而 testing$bin.frail 是根据您的测试数据创建的。您可以通过在创建 mod1pred.

时将 newdata = testing 添加到对 predict 的调用来更正此问题

来自 train/test 的 ROC 曲线设置在插入符 R 包中

ROC curve from train/test set in caret R package

r

r-caret

roc