R levelplot：根据一个变量的颜色green-white-red（白色为0），但显示另一个变量的值

Question

标题差不多self-descriptive。我想用格子做一个 heatmap-like 图，也显示数据值，比如 here

然而，在我的例子中，我想根据一个变量 (fold.change) 为绘图着色，但显示另一个变量 (p.value) 的值。

颜色范围最好是 green-white-red，白色为 0（绿色为负 fold.change 值，红色为正值）。

我的最后一个问题是如何更改标题和坐标轴文本的文字大小、删除坐标轴标题以及将x 轴文本旋转45 度；我在文档中找不到此信息。谢谢！

到目前为止，这是我的 MWE：

library(lattice)
library(latticeExtra)
library(RColorBrewer)

pv.df <- data.frame(compound = rep(LETTERS[1:8], each = 3), 
                    comparison = rep(c("a/b", "b/c", "a/c"), 8), 
                    p.value = runif(24, 0, 1), 
                    fold.change = runif(24, -2, 6))

myPanel <- function(x, y, z, ...) {
    panel.levelplot(x,y,z,...)
    panel.text(x, y, round(z,1))
}

cols <- rev(colorRampPalette(brewer.pal(6, "RdYlGn"))(20))

png(filename = "test.png", height = 1000, width = 600)
print(
    levelplot(fold.change ~ comparison*compound,
              pv.df,
              panel = myPanel,
              col.regions = cols,
              colorkey = list(col = cols, 
                              at = do.breaks(range(pv.df$fold.change), 20)),
              scales = list(x = list(rot = 90)),
              main = "Total FAME abundance - TREATMENT", 
              type = "g")
)
dev.off()

产生这个情节的是：

谢谢！

Answer 1

你的问题有几个部分。让我们一一解决：

1: 更改标签。这可以通过改变 panel.text():

的第三个参数来完成

myPanel <- function(x, y, z, ...) {
  panel.levelplot(x, y, z, ...)
  panel.text(x, y, round(pv.df$p.value, 2))
}

2：更改色标，白色位于 0。计算色标的每一段应该有多长，然后分别定义每一段：

color.ramp.length <- 20
negative.length <- round(abs(range(pv.df$fold.change)[1]) / 
                           diff(range(pv.df$fold.change)) * 
                           color.ramp.length)
positive.length <- color.ramp.length - negative.length
cols <- c(colorRampPalette(c("seagreen", "white"))(negative.length),
          colorRampPalette(c("white", "firebrick"))(positive.length))

（注意：您可以使用 here 中的其他颜色选项。我只是觉得与 "red" / "green" 相关的颜色很伤眼。）

3：修改坐标轴标题/标签。在levelplot().

中指定相关参数

levelplot(fold.change ~ comparison*compound,
          pv.df,
          panel = myPanel,
          col.regions = cols,
          colorkey = list(col = cols, 
                          at = do.breaks(range(pv.df$fold.change), 
                                         color.ramp.length)),
          xlab = "", ylab = "",              # remove axis titles
          scales = list(x = list(rot = 45),  # change rotation for x-axis text
                        cex = 0.8),          # change font size for x- & y-axis text
          main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT",
                      cex = 1.5))            # change font size for plot title

R levelplot：根据一个变量的颜色green-white-red（白色为0），但显示另一个变量的值

R levelplot: color green-white-red (white on 0) according to one variable, but show the values of another variable

graphics

r

colors

lattice