将 broom::glance() 与 glmmTMB 结合使用

Question

我有运行一组使用 glmmTMB 的 23 个模型。（我已将我的模型设置为 list，示例代码如下所示）

cand.models<-list()
cand.models[[1]]<-glmmTMB(count~depth + slope + SST + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)
cand.models[[2]]<-glmmTMB(count~depth + slope + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)

我想创建一个摘要 table，为 cand.models 中包含的每个模型提供偏差。我尝试使用 broom::glance()，它应该创建一个 "one row" 摘要，其中包括偏差，以及 AIC 和 BIC 等其他内容。

summ.table<-do.call(rbind, lapply(cand.models, broom::glance))

但是，输出不包括模型偏差！（它仅包括 sigma、logLik、AIC、BIC 和 df.residual）。有谁知道为什么它不提供偏差（也许是 glmmTMB 特有的问题？）。或者，有人有提取偏差的替代解决方案吗？

Answer 1

跟进评论："master" version of broom 不包含 glmmTMB 模型的 glance 方法，这意味着 glance 不适用于 [=13] =] 模型。

您使用的 broom 版本是一个 forked version by Ben Bolker (bbolker)，他向其中添加了一个适用于 glmmTMB 模型对象的新 glance 方法。但是，此 glance 方法在输出中不包含 deviance。尽管如此，由于 deviance = -2*log(likelihood)，您可以执行以下操作：

summ.table$deviance = -2 * summ.table$logLik

将 broom::glance() 与 glmmTMB 结合使用

Using broom::glance() in conjunction with glmmTMB

r

broom