家谱的布局

Layout for a family tree

我有一个 DNA 关系数据集(以匹配百分比表示)我和几百个亲戚之间的关系,几乎都是远亲。我还有关于他们每个人与数据集中某些其他成员之间的 DNA 关系的数据。

我希望构建一个显示相互关系的网络图,并让 Gephi 构建一些类似于家谱的东西。但即使使用小型示例数据库,我也无法得到看起来像那样的结果图。

我希望每个关系(即边)都有一个"force"与关系的亲密度有关,这样远亲(节点)就被推得更远了。我希望图表根据这些 "forces" 自 assemble 并假设有一个布局,但我还没有找到一个。

我目前将 DNA 关系放在 weight 列中,根本不使用 interval 列。但即使只使用 8 个亲戚和人为完善的数据,我也必须手动移动节点以使其看起来远程有用。

对于这种类型的图表,我应该使用什么布局?您可以提供哪些其他建议来实现这种效果? weight 字段应该随着关系距离的增加而增加还是减少?

… and have Gephi build something that loosely resembles a family tree. But even using a small sample database I can't get the resulting graph to look anything like that.

家谱连接后代(大部分)。 DNA 相似性(百分比)不符合这种结构。相关问题may be answered here.

设置 Library > Edges > Edge Weight -过滤器到 DNA 相似性属性可能会有所帮助(但不会产生“类似于一个家庭的东西树").

I want each relationship (i.e. edge) to have a "force" related to the closeness of the relationship, so distant relatives (nodes) are pushed further away. I want the graph to self-assemble based on these "forces" …

所有布局都是这样工作的。但是,Gephi 没有 hierarchical positioning. 3rd party candidates include EventGraphLayout, Layered Layout and Concentric Layout.

Should the weight field increase or decrease as relationship distance increases?

边的权重越大,它的连接就越强(导致它连接的节点之间的距离越小)。然而,对于家谱来说,这无关紧要。

I'm hoping to build a network graph that shows the interrelationships between each member …

What layout should I use for this type of graph, and what other advice can you offer to make this work?

以下步骤强调clustering and modularity

  1. 计算模块化。

  2. 按模块化为节点着色 class:
    Appearance > Nodes > Partition > Modularity Class

  3. 应用布局; ForceAtlas 2 例如(启用 Dissuade HubsLinLog modePrevent Overlap)。

如有必要,稍后应用 Contraction 布局。根据(例如)Eigenvector Centrality(在应用布局之前)选择设置节点大小。