Unix。循环遍历具有相同名称但不同染色体编号的 Plink 文件。生产输出
Unix. Loop through Plink files with same names but different chromosome numbers. Produce output
我有基本的 Unix 知识。我有一个包含 22 个具有此名称模式的文件的列表：chr1_ASI、chr2_ASI、chr3_ASI...chr22_ASI。
我想在 OS X 终端中使用此 Plink 命令遍历它们：
./plink --file /path/chr1_ASI --chr 1 --make-bed --out /path/chr1_ASI_filtered
然后 2-22 号染色体也一样。
我想在 Unix 中使用 for 循环来简化此脚本。这就是我所拥有的。
for i in {1..22}; do ./plink --file /path/chr_ASI --chr ${i} --make-bed --out /path/chr${i}_ASI_filtered; done
但这不起作用。我可能犯了一些基本错误。提前谢谢你。
已编辑：有人注意到，我的错误只是写了 chr${1}_ASI 而不是 chr${i}_ASI。否则脚本运行得很好。
尝试将：/path/chr_ASI 更改为 /path/chr${i}_ASI
我有基本的 Unix 知识。我有一个包含 22 个具有此名称模式的文件的列表：chr1_ASI、chr2_ASI、chr3_ASI...chr22_ASI。
我想在 OS X 终端中使用此 Plink 命令遍历它们：
./plink --file /path/chr1_ASI --chr 1 --make-bed --out /path/chr1_ASI_filtered
然后 2-22 号染色体也一样。
我想在 Unix 中使用 for 循环来简化此脚本。这就是我所拥有的。
for i in {1..22}; do ./plink --file /path/chr_ASI --chr ${i} --make-bed --out /path/chr${i}_ASI_filtered; done
但这不起作用。我可能犯了一些基本错误。提前谢谢你。
已编辑：有人注意到，我的错误只是写了 chr${1}_ASI 而不是 chr${i}_ASI。否则脚本运行得很好。
尝试将：/path/chr_ASI 更改为 /path/chr${i}_ASI