为连续变量制作离散值的调色板（格子水平图）

Question

跟进，我想制作一个水平图热图并根据数据框中的变量 p.value 为每个单元格着色。

我想让单元格以只有 3 种颜色的方式着色（连续变量的离散调色板）：

白色 for p.values >0.05
red for p.values <0.05 and >0.01
深红色 for p.values <0.01

到目前为止这是我的 MWE。

set.seed(150)
pv.df <- data.frame(compound=rep(LETTERS[1:8], each=3), comparison=rep(c("a/b","b/c","a/c"), 8), p.value=runif(24, 0, 0.2))
pv.df
myPanel <- function(x, y, z, ...) {
  panel.levelplot(x, y, z, ...)
  panel.text(x, y, round(z, 2))
}
#install.packages("latticeExtra")
library(latticeExtra)
library(RColorBrewer)
cols <- rev(colorRampPalette(brewer.pal(6, "Reds"))(10))

png(filename="test.png", height=1000, width=600)
print(
    levelplot(p.value ~ comparison*compound,
          pv.df,
          panel = myPanel,
          col.regions = cols,
          colorkey = list(col = cols, 
                          at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10)),
          xlab = "", ylab = "",              # remove axis titles
          scales = list(x = list(rot = 45),  # change rotation for x-axis text
                        cex = 0.8),          # change font size for x- & y-axis text
          main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT",
                      cex = 1.5))            # change font size for plot title
)
dev.off()

产生：

我在水平图中显示了实际的 p.value 值。上面的代码似乎有问题，因为“0.14”的颜色比它旁边的“0.08”要深。

Answer 1

您没有指定要用于区域的断点（就像您为色键所做的那样），因此颜色混杂。

如果您希望区域为 <=0.01、>0.01 & <=0.05 和 >0.05，您需要在 levelplot 调用中使用 at 参数指定它（当然 colorkey 也一样）。

因此，在调用中，您需要告知您想要不同区域 (col.regions = c("darkred", "red", "white")) 的颜色 "darkred"、"red" 和 "white"在 0（实际上是下限）、0.01、0.05 和 0.20（上限，这是对 data.frame 的最大值 p.value 的一种舍入）处中断。

您的 levelplot 电话是：

levelplot(p.value ~ comparison*compound,
          pv.df,
          panel = myPanel,
          col.regions = c("darkred", "red", "white"),
          at=c(0, 0.01, 0.05, 0.20),
          colorkey = list(col = c("darkred", "red", "white"), 
                          at = c(0, 0.01, 0.05, 0.20)),
          xlab = "", ylab = "",              # remove axis titles
          scales = list(x = list(rot = 45),  # change rotation for x-axis text
                        cex = 0.8),          # change font size for x- & y-axis text
          main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT",
                      cex = 1.5))

给予：

N.B.: 我是根据你对休息时间的描述打电话的你在你的代码中使用，你需要在调用中添加at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10))（例如，在定义col.regions之后）

为连续变量制作离散值的调色板（格子水平图）

Make color palette of discretized values for a continuous variable (lattice levelplot)

r

graphics

colors

lattice

discretization