R Markdown，当chunk option results="asis"时输出测试结果（htest）

Question

我需要使用 results = "asis"，原因如下：

但是，使用该块选项意味着其他输出呈现不理想。具体来说，我在输出 prop.test 结果时遇到问题，但我确信其他数据类型也会出现这种情况。

我在下面的示例中提供了 4 个选项，所有选项都在某些方面有所不足：

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
    df_print: paged
---
```{r, echo=F, message=F, warning=F, results="asis"}
library(knitr)
library(pander)
out <- prop.test(c(10,30), c(20,40))
cat("# Header  \n")
cat("  \n## Straight output\n")
out # Only properly renders first line
cat("  \n## Print\n")
print(out) # Only properly renders first line
cat("  \n## Kable\n")
#kable(out) # Will fail: Error in as.data.frame.default(x) :   cannot coerce class ""htest"" to a data.frame
kable(unlist(out)) # Renders everything but in an ugly way
cat("  \n## Pander\n")
pander(out) # Misses confidence interval.
cat("  \n As you can see, Pander misses some information, such as the confidence interval")
```

Pander 使其最接近漂亮的显示但遗漏了一些信息（置信区间）。或许有办法让它显示全部？

我怎样才能很好地显示 prop.test 和类似的输出？

Answer 1

你可以这样使用formattable

library(knitr)
library(formattable)
out <- prop.test(c(10,30), c(20,40))
cat("# Header  \n")
cat("  \n## Straight output\n")
out # Only properly renders first line
cat("  \n## Print\n")
print(out) # Only properly renders first line
cat("  \n## Kable\n")
#kable(out) # Will fail: Error in as.data.frame.default(x) :   cannot coerce class ""htest"" to a data.frame
kable(unlist(out)) # Renders everything but in an ugly way
cat("  \n## Pander\n")

df <- data.frame(value = unlist(out))
tdf <- as.data.frame(t(df))
formattable(tdf)

您可以保留所需的列，更新列名，因为所有这些都在 data frame 中。这里有一个粗略的示例

Answer 2

一个选项是 return 到 results = "markup"（默认值），并将您的 cat 调用替换为 asis_output（来自 knitr 包）。

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
    df_print: paged
---
```{r, echo=F, message=F, warning=F}
library(knitr)
library(pander)
out <- prop.test(c(10,30), c(20,40))
asis_output("# Header  \n")
asis_output("  \n## Straight output\n")
out # Only properly renders first line
asis_output("  \n## Print\n")
print(out) # Only properly renders first line
asis_output("  \n## Kable\n")
#kable(out) # Will fail: Error in as.data.frame.default(x) :   cannot coerce class ""htest"" to a data.frame
kable(unlist(out)) # Renders everything but in an ugly way
asis_output("  \n## Pander\n")
pander(out) # Misses confidence interval.
asis_output("  \n As you can see, Pander misses some information, such as the confidence interval")
```

R Markdown，当chunk option results="asis"时输出测试结果（htest）

R Markdown, output test results (htest) when chunk option results="asis"

r

knitr

r-markdown

pander