if then bash 语句不适用于 qiime 命令

Question

我刚开始 bash 一段时间以来，我一直停留在一个简单的 if;then 语句上。我使用 bash 到运行写在 python 中的 QIIME 命令。这些命令使我能够处理微生物 DNA。从测序的原始数据集中，我首先必须首先检查它们是否匹配 QIIME 可以处理的格式，然后才能继续执行其余命令。

module load QIIME/1.9.1-foss-2016a-Python-2.7.11
echo 'checking mapping file and demultiplexing'
validate_mapping_file.py -m $PWD/map.tsv -o $PWD/mapcheck > tmp.txt
n_words=`wc -w tmp.txt`
echo "n_words:"$n_words
if [ n_words = '9 temp.txt' ];then
split_libraries_fastq.py -i $PWD/forward_reads.fastq.gz -b $PWD/barcodes.fastq.gz -m $PWD/map.tsv -o $PWD/demultiplexed
else
  echo 'Error(s) in map'
  exit 1
fi

如果地图不错，我希望得到以下输出（9 个字）：

No errors or warnings were found in mapping file.

如果不好（16个字）：

Errors and/or warnings detected in mapping file.  Please check the log and html file for details.

我想使用此输出来调节以下命令 split_libraries_fastq.py。

我尝试了很多不同版本的 if;then 语句，寻求帮助，但似乎没有任何效果。你们中有人知道为什么 'then' 命令不是运行吗？还有我运行它通过一个集群。

这是我的地图好的时候的输出，第二个命令不是运行:

checking mapping file and demultiplexing
n_words:9 tmp.txt
Error(s) in map

谢谢

Answer 1

我认为代码可以改进。您的代码中的错误主要是在设置变量后用于调用变量的美元运算符。

您正在计算 temp.txt 中的行数。更好的版本是：

n_words=$(wc -l temp.txt)
if [ "$n_words" -eq 9 ]; then
  echo "${n_words} equal to 9"
else
  echo "${n_words} is not equal to 9"
fi

Answer 2

复习 shell 语法，尤其是 double quotes and parameter expansion。尽管嵌入了 space，但您需要一美元来扩展 n_words 和双引号以使其成为单个字符串。例如：

if [ "$n_words" = '9 temp.txt' ]; then
    echo "good"
else
    echo "bad"
fi

或者，考虑省略文件名并进行整数比较：

n_words=`wc -w < tmp.txt`
echo "n_words: $n_words"
if [ "$n_words" -eq 9 ]; then
#...

最后，让我警告您，计算字数是一个糟糕的技巧，因为 Python 脚本中无害的更改可能会破坏您的 shell 脚本。我对 Qiime 不熟悉，但他们应该提供有意义的退出状态。尝试：

validate_mapping_file.py -m $PWD/map.tsv -o $PWD/mapcheck > /dev/null
exit_status=$?
echo "exit status: $exit_status"

if then bash 语句不适用于 qiime 命令

if then bash statement does not work with qiime commands

bash

if-statement

qiime