调整 R 中 heatmap.2 函数 (gplots) 的底层代码，以更改跟踪参数
Adjust underlying code for the heatmap.2 function (gplots) in R, to change the trace argument
我想调整 R 中 heatmap.2 函数代码中的 trace 参数（热图中可见的线分割），最终删除虚线，但保留实线。更一般地说，我还想学习如何调整用户定义的函数。
我在此处找到了有关如何执行此操作的建议：https://support.bioconductor.org/p/42819/。
但是，当我调整代码中的任何内容时（例如跟踪参数的行类型）（使用函数 fix() 或使用另一个名称但使用相同的代码创建一个新函数），我开始得到在 R 中找不到某些函数的错误，例如 invalid() 和 plot.dendrogram()。我为这些功能安装了单独的包，但这并没有解决问题。更糟糕的是，当使用 fix() 方法时，heatmap.2 从那一点开始不断出现这些错误，即使我撤消了代码更改，我也必须重新安装 gplots 包。
我不明白heatmap.2函数是如何运行它们没有问题的，但是当我调整代码时，这些底层函数再也找不到了。
TLDR：如何在 R 中安全地调整函数，尤其是 heatmap.2 函数？
如有任何帮助，我们将不胜感激。
通常你应该能够通过 运行 heatmap.2 获取所有代码而不需要任何选项（很多）然后复制它并将它分配给你的 bioconductor 中建议的新函数.这是普遍接受的方法。我不认为这里需要 fix() 方法，因为它确实会覆盖您工作区中的对象（即，除非您清除工作区，否则更改的 heatmap.2 将优先）。
为了您的方便，我创建了一个包含普通代码的要点并将其分配给一个新函数。我会将其粘贴到您的工作目录中的新文件（例如 heatmap3.R）和当前分析脚本中的 source("heatmap3.R") 中。当然你可能需要编辑这个文件，我已经注释掉了我认为是虚线的第 345-348 行和 359-362 行。这应该是尝试调整现有功能时的一般策略（除非它们是 S4/S3 或内部功能，否则事情会变得更加棘手）
<script src="https://gist.github.com/FMKerckhof/9dd986191570bec2d68fa50122c22e3a.js"></script>
我想调整 R 中 heatmap.2 函数代码中的 trace 参数（热图中可见的线分割），最终删除虚线，但保留实线。更一般地说，我还想学习如何调整用户定义的函数。
我在此处找到了有关如何执行此操作的建议：https://support.bioconductor.org/p/42819/。
但是，当我调整代码中的任何内容时（例如跟踪参数的行类型）（使用函数 fix() 或使用另一个名称但使用相同的代码创建一个新函数），我开始得到在 R 中找不到某些函数的错误，例如 invalid() 和 plot.dendrogram()。我为这些功能安装了单独的包，但这并没有解决问题。更糟糕的是，当使用 fix() 方法时，heatmap.2 从那一点开始不断出现这些错误，即使我撤消了代码更改，我也必须重新安装 gplots 包。
我不明白heatmap.2函数是如何运行它们没有问题的，但是当我调整代码时，这些底层函数再也找不到了。
TLDR：如何在 R 中安全地调整函数，尤其是 heatmap.2 函数？
如有任何帮助，我们将不胜感激。
通常你应该能够通过 运行 heatmap.2 获取所有代码而不需要任何选项（很多）然后复制它并将它分配给你的 bioconductor 中建议的新函数.这是普遍接受的方法。我不认为这里需要 fix() 方法，因为它确实会覆盖您工作区中的对象（即，除非您清除工作区，否则更改的 heatmap.2 将优先）。
为了您的方便，我创建了一个包含普通代码的要点并将其分配给一个新函数。我会将其粘贴到您的工作目录中的新文件（例如 heatmap3.R）和当前分析脚本中的 source("heatmap3.R") 中。当然你可能需要编辑这个文件，我已经注释掉了我认为是虚线的第 345-348 行和 359-362 行。这应该是尝试调整现有功能时的一般策略（除非它们是 S4/S3 或内部功能，否则事情会变得更加棘手）
<script src="https://gist.github.com/FMKerckhof/9dd986191570bec2d68fa50122c22e3a.js"></script>