PCA 改变簇的颜色

Question

我想更改簇的颜色但保持其形状。 habillage=iris$Species 颜色和形状都变了，什么能只变颜色？

library("devtools")
install_github("kassambara/factoextra")
library("factoextra")
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz_pca_ind(iris.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95)

Answer 1

fviz_pca() 的工作方式类似于 ggplot 图，因此，要更改形状，您可以使用 ggplot 的美学映射，例如，用于更改形状。关于颜色，?fviz_pca_ind 调用的文档告诉您可以通过 palette.

更改颜色

fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey") #change colors
             ) + 
             scale_shape_manual(values=c(2, 8, 11)) #change shapes

PCA 改变簇的颜色

PCA change colours of clusters

r

pca

factoextra