带有“$”符号的语法错误；猎豹/bash

Question

我正在编写脚本运行 Cheetah；在某些时候有一些 bash 命令，我得到了语法错误 ("Error in the Python code which Cheetah generated for this template")。

涉及的线路是：

&& name=$(echo '$another_variable'".phy" | cut -d _ -f 1)

语法错误出现在第一个“$”符号上。昨天成功了，所以我有点困惑...

整个代码包裹在 xml 标签中：

<command><![CDATA[
    ln -s '$input' '$input.element_identifier' &&

    BlastAlign -i '$input.element_identifier'
    -m $advanced_option.m
    #if $advanced_option.r != ""
        -r $advanced_option.r
    #end if
    #if $advanced_option.x != ""
        -x $advanced_option.x
    #end if
    -n $advanced_option.n
    #if $advanced_option.s != 0
        -s $advanced_option.s
    #end if

    && mkdir outputs

    && name=$(echo '$input.element_identifier'".phy" | cut -d _ -f 1)

    && number=$(grep '/' '$input.element_identifier'".phy" | wc -l)

    && new_file=$name"_sp"$number".phy"
    && mv '$input.element_identifier'".phy" '$new_file'
    && new_file2=$name"_sp"$number".nxs"
    && mv '$input.element_identifier'".nxs" '$new_file2'
    && cp '$new_file' outputs/
    && cp '$new_file2' outputs/

    #if $fasta_out.value == True
        && python $__tool_directory__/scripts/S01_phylip2fasta.py /outputs/'$new_file' outputs/$name"_sp"$number".fasta"
    #end if

]]></command>

Answer 1

您必须筛选（用反斜杠转义）每个要传递给 bash 的 $ 符号，否则 Cheetah 会尝试解释它们：

&& name=$(echo '$input.element_identifier'".phy" | cut -d _ -f 1)

&& number=$(grep '/' '$input.element_identifier'".phy" | wc -l)

等等

带有“$”符号的语法错误；猎豹/bash

syntax error with '$' sign ; Cheetah / bash

bash

cheetah