PCA分析去除质心

Question

我正在使用 fviz_pca_ind 制作主成分分析图，如下所示。

 fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey"))

我想删除质心，但要保留 habillage=iris$Species 得到的不同颜色和椭圆。

col.ind 需要一个向量，其元素数等于行数。

Answer 1

这是一种删除质心的方法：

library(factoextra)
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz(res.pca, element="ind", geom="point",  pointsize = 1, 
              habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95, 
              palette = c("green", "orange", "grey"), invisible="quali")

PCA分析去除质心

PCA analysis remove centroid

r

pca

factoextra