如何将计数添加到从矩阵绘制的 venneuler 维恩图

Question

我有几个基因列表（所有长度各不相同），我想通过维恩图直观地进行比较。我写了一个小函数，它使用 ReShape2 将基因名称的任何数据帧转换为 1 和 0 的矩阵，Venneuler 可以使用它来绘制维恩图。我的问题是我无法弄清楚如何 extract/calculate 与维恩图的每个部分关联的值。此外，如果我可以将这些值添加到我在 R 中的绘图中，那就太好了。

这是我的数据的示例：

 A <- c("gene1", "gene2", "gene3", "gene5", "gene12", "", "")
 B <- c("gene1", "gene2", "gene6", "gene7", "", "", "")
 C <- c("gene2", "gene6", "gene7", "gene8", "gene9", "gene13", "gene14")
 D <- c("gene7", "gene8", "gene9", "gene10", "gene11", "gene12", "")
 dat <- data.frame(A,B,C,D)

将 table 基因名称转换为 Vennueler 可以使用的 presence/absence 矩阵的函数：

 vennfun <- function(x) { 
  x$id <- seq(1, nrow(x))  #add a column of numbers (required for melt)
  xm <- melt(x, id.vars="id", na.rm=TRUE)  #melt table into two columns (value & variable)
  xc <- dcast(xm, value~variable, fun.aggregate=length)  #remove NA's, list presence/absence of each value for each variable (1 or 0)
  rownames(xc) <- xc$value  #value column = rownames (required for Venneuler)
  xc$value <- NULL  #remove redundent value column
  xc  #output the new dataframe
}

加载所需的包：

library(reshape2)
library(venneuler)

运行 vennfun 并使用输出绘制带有 venneuler 的维恩图：

VennDat <- vennfun(dat)
genes.venn <- venneuler(VennDat)
plot(genes.venn)

我的问题是：如何获得与所有可能条件相关的基因数量（即 A、AB、ABC、ABCD、B、BC、BCD、ABD、ACD 等），and/or 如何将这些值添加到我的维恩图？

谢谢！！

Answer 1

如果您愿意更改软件包，可以使用 eulerr（我是其作者）来完成此操作：

library(eulerr)
genes.venn <- euler(VennDat)
plot(genes.venn, quantities = TRUE)

顺便说一句，这个问题不太适合欧拉图。（合身度很差。）也许你应该考虑一个替代方案？

Answer 2

我认为我的 nVennR 包会是一个很好的工具：

library(nVennR)
A <- c("gene1", "gene2", "gene3", "gene5", "gene12", "", "")
B <- c("gene1", "gene2", "gene6", "gene7", "", "", "")
C <- c("gene2", "gene6", "gene7", "gene8", "gene9", "gene13", "gene14")
D <- c("gene7", "gene8", "gene9", "gene10", "gene11", "gene12", "")
dat <- data.frame(A,B,C,D)
myV <- plotVenn(as.list(dat))

这将绘制图表（空值被丢弃）：

然后您可以浏览图表：

getVennRegion(nVennObj = myV, region = c('C', 'D'))
[1] "gene8" "gene9"

或者：

listVennRegions(nVennObj = myV)
$`0, 0, 0, 1 (D)`
[1] "gene10" "gene11"

$`0, 0, 1, 0 (C)`
[1] "gene13" "gene14"

$`0, 0, 1, 1 (C, D)`
[1] "gene8" "gene9"

$`0, 1, 1, 0 (B, C)`
[1] "gene6"

$`0, 1, 1, 1 (B, C, D)`
[1] "gene7"

$`1, 0, 0, 0 (A)`
[1] "gene3" "gene5"

$`1, 0, 0, 1 (A, D)`
[1] "gene12"

$`1, 1, 0, 0 (A, B)`
[1] "gene1"

$`1, 1, 0, 1 (A, B, D)`
[1] ""

$`1, 1, 1, 0 (A, B, C)`
[1] "gene2"

您也可以使用更简单的 web interface 最多六组。

如何将计数添加到从矩阵绘制的 venneuler 维恩图

How to add counts to a venneuler venn diagram that was plotted from a matrix

r

venn-diagram