在管道 awk 输出上打印循环输入文件名

Question

我希望在 awk 的每一行输出以下内容：

for fname in $(ls *.bam | cut -c -9 | uniq)
    do
    echo $fname
    samtools depth  -a "$fname".bam | awk '{sum+=} END {print "Average = ", sum/NR}' >> mean.depth
    done

当前输出：

$ less mean.depth  
    Average =  5.40089
    Average =  4.68387

期望的输出：

$ less mean.depth  
    FILENAME1 Average =  5.40089
    FILENAME2 Average =  4.68387

这样输出的平均深度是可追踪的。我试过 FILENAME 和各种各样的东西但没有成功。谢谢！

Answer 1

解决方案

改编自this answer

用awk -v var=定义shell变量$fname，然后用END {print var

打印它

samtools depth  -a "$fname".bam | awk -v var=$fname '{sum+=} END {print var, " = ", sum/NR}' >> mean.depth

在管道 awk 输出上打印循环输入文件名

Print for loop input filename on piped awk output

linux

bash

awk

for-loop

samtools