特定 geom_node_text 的绘图标签

Question

我正在尝试绘制网络图并仅显示中心性分数高于特定阈值的 geom_node_text 的标签。我的代码如下：

rt_tbl %>% 
mutate(centrality = centrality_authority()) %>% 
ggraph(layout = 'kk') + 
geom_edge_link(aes(), colour = "gray", alpha = 0.5) + 
geom_node_point(aes(size = centrality, colour = centrality)) + 
geom_node_text(data=subset(centrality > 0.6), aes(centrality, label=name)) + 
theme_graph(base_family = "Roboto Condensed", base_size = 13)

我遇到以下错误：

Error in subset(centrality > 100) : object 'centrality' not found

我的数据是这样的：

# A tbl_graph: 1589 nodes and 3992 edges
# A directed multigraph with 3 components
# Node Data: 1,589 x 3 (active)
        name degree centrality
        <chr>  <dbl>      <dbl>
1   Ashinlay1970     35 0.90053429
2     WinTunMin1     25 0.66408597
3 Yaminayeyaohn1      2 0.06080755
4  TUNOO00655880      3 0.07609831
5     inewagency      8 0.21569006
6         KSwe03      4 0.12416238
# ... with 1,583 more rows

# Edge Data: 3,992 x 2
from    to
<int> <int>
1     1    48
2     1    49
3     1     1
# ... with 3,989 more rows

Answer 1

我以前从未使用过 ggraph，您确实应该提供一个可重现的最小示例，但试试这个：

rt_tbl %>% 
    mutate(centrality = centrality_authority()) %>% 
    ggraph(layout = 'kk') + 
    geom_edge_link(aes(), colour = "gray", alpha = 0.5) + 
    geom_node_point(aes(size = centrality, colour = centrality)) + 
    geom_node_text(aes(label=ifelse(centrality > .6, name, NA))) + 
    theme_graph(base_family = "Roboto Condensed", base_size = 13)

您的 subset 方法不起作用，因为它不查看您的 rt_tbl 内部，而是试图获取不存在的对象 centrality。但它无论如何都行不通，因为你需要给它一个与你的数据长度相同的向量，但只子集 returns 符合你条件的值。因此，使用 ifelse 更适合您的任务。

编辑：

顺便说一句 this 是一个最小的可复制示例（至少我现在知道如何使用 ggraph）：

library(tidygraph)
library(ggraph)

rt_tble <- tidygraph::create_star(10) %>% 
    mutate(centrality = centrality_authority(), 
           name = LETTERS[1:10])

ggraph(graph = rt_tble) +
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(aes(size = centrality, colour = centrality)) + 
    geom_node_text(aes(label = ifelse(centrality > .6, as.character(name), NA_character_)))

我不得不使用 as.character(name) 而不是 name 或 levels(name)（就像我之前所做的那样），也许您也必须在我上面的解决方案中更改它...

但关于这一点，请查看下面的@Alper Yilmaz 解决方案。

Answer 2

这不是答案，而是对使用上述答案的任何未来访问者的评论。当我在不同的网络中尝试 levels(name) 时，它给出了错误的结果。 tidygraph 有 filter 属性可用于各种 geom 以过滤节点、边等

所以，上面答案的 geom_node_text 行如果写成：

应该会更好

geom_node_text(aes(filter=centrality > .6, label = name))

特定 geom_node_text 的绘图标签

Plot labels for specific geom_node_text

r

ggplot2

ggraph

tidygraph

编辑：