从 python 中的各个 tiff 创建 tiff 堆栈

Question

我正在根据此处找到的示例创建不同大小的 tiff 堆栈： http://www.bioimgtutorials.com/2016/08/03/creating-a-z-stack-in-python/

可在此处下载 tif 文件示例： nucleus

我有一个文件夹，里面有 5 个 tiff 文件。我想堆叠它们以便能够在 imageJ 中打开它们，使它们看起来像这样：

这适用于以下代码：

from skimage import io
import numpy as np
import os

dir = 'C:/Users/Mich/Desktop/tiff stack/'

listfiles =[]


for img_files in os.listdir(dir):
    if img_files.endswith(".tif") :
        listfiles.append(img_files)



first_image = io.imread(dir+listfiles[0])

io.imshow(first_image)

first_image.shape

stack = np.zeros((5,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)



for n in range(0,5):
    stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

path_results = 'C:/Users/Mich/Desktop/'
io.imsave(path_results+'Stack.tif' ,stack)

当我只想堆叠前4个或前3个时，问题就来了。

包含 4 张 tiff 图像的示例：

   stack=np.zeros((4,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)

   for n in range(0,4):
       stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

然后我得到这样的结果：

在尝试堆叠文件夹的前 3 张图像时，它们合并了！

   stack=np.zeros((3,first_image.shape[0],first_image.shape[1]),np.uint8)

   for n in range(0,3):
       stack[n,:,:]= io.imread(dir+listfiles[n])

我的代码哪里错了，以至于它只是将单个 tiff 添加到大小为 3、4 或 5 的多维堆栈中？

Answer 1

指定图像数据的颜色space(photometric='minisblack')，否则tifffile插件会根据输入数组的形状来猜测。

这是直接使用 tifffile 的较短版本：

import glob
import tifffile

with tifffile.TiffWriter('Stack.tif') as stack:
    for filename in glob.glob('nucleus/*.tif'):
        stack.save(
            tifffile.imread(filename), 
            photometric='minisblack', 
            contiguous=True
        )

从 python 中的各个 tiff 创建 tiff 堆栈

Creating a tiff stack from individual tiffs in python

python

tiff

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