gvpack (graphviz) 不保留单个二合字母的标签

Question

有四个点文件（cluster_0、cluster_1、cluster_2、cluster_3）需要合并成一个点文件。

各个点文件的代码如下

digraph cluster_0{
sortv=1;
penwidth=0;pencolor=transparent;
label="1A";
rankdir=LR;
 node [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12];
        edge [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12,arrowsize=0.75];
    1 [label="1:A"];
    2 [label="2:C"];
    3 [label="3:G"];
    3 -> 1
    1 -> 2
    3 -> 2
    2 -> 3
}
digraph cluster_1 {
sortv=2;
penwidth=0;pencolor=transparent;
 label="1B";
 node [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12];
        edge [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12,arrowsize=0.75];
    rankdir=LR;
    11 [label="1:A"];
    12 [label="2:C"];
    13 [label="3:G"];
    14 [label="4:T"];
    14 -> 11
    11 -> 12
    12 -> 13
    12 -> 14 
    13 -> 14
}
digraph cluster_2 {
    rankdir=LR;
  sortv=3;
penwidth=0;pencolor=transparent;
  label="1C";
 node [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12];
        edge [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12,arrowsize=0.75];
    21 [label="1:A"];
    22 [label="2:C"];
    23 [label="3:G"];
    24 [label="4:T"];
    25 [label="5:A"];
    24 -> 21
    21 -> 22
    21 -> 25
    25 -> 22
    22 -> 23
    23 -> 24
}
digraph cluster_3{
        sortv=4;
penwidth=0;pencolor=transparent;
        label="1D"
 node [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12];
        edge [fontname = "times-roman-bold",fontsize=12,arrowsize=0.75];
    rankdir=LR;
    31 [label="1:A"];
    32 [label="2:C"];
    33 [label="3:G"];
    31:c -> 31:w
    32 -> 31 [dir=both,len=1.25];
    33 -> 31 [dir=both,];
    32 -> 32
    33 -> 32 [dir=both,];
    33 -> 33
}

要生成合并的单点文件...我运行以下命令。

neato -Gstart=5 cluster_0.dot cluster_1.dot cluster_2.dot cluster_3.dot | gvpack -array_u4 | neato -n2 -s -Teps -o merge.eps

merge.eps 非常顺利，但个别图表的标签丢失了。我们如何在输出合并文件中保留各个图的标签？谁能帮忙解决这个问题？

我在这里附上显示标签的单个文件我使用以下命令编译了单个文件。

neato -Gstart=5 cluster_0.dot -Teps -o cluster_0.eps

另外我附上删除了图表标签的合并输出文件。

Answer 1

这不是答案，而是分享经验：在尝试各种选项时发现，似乎是 neato 引擎抑制了标签。如果您使用 dot，您可能不会得到您想要的确切布局，但您会得到标签：

dot -Gstart=5 cluster_0.dot cluster_1.dot cluster_2.dot cluster_3.dot | gvpack -array_u4 | dot -n2 -s -T jpg -o merge.jpg

给你

我个人的偏好是拥有一个主文件 so.m4

digraph so 
{
    define(`digraph',`subgraph')
    rankdir=LR;
    include(cluster_0.dot)
    include(cluster_1.dot)
    include(cluster_2.dot)
    include(cluster_3.dot)
}

我用

处理

m4 so.m4 > so.dot

在生成的 so.dot 文件中，我将所有集群组合在一起，我可以使用简单的

进入下一步（此处生成 JPG）

dot -T png -o so.png so.dot

这样做的好处是您可以使用 "global options" 的主文件。我认为它比具有所有管道和选项的命令更容易维护并且不那么笨拙。但这是一个品味问题。

使用选项 rankdir=LR; 生成此版本：

玩得开心 - 很高兴做更多，但我需要了解更多关于你的项目。

gvpack (graphviz) 不保留单个二合字母的标签

gvpack (graphviz) not preserving labels of the individual digraphs

graphviz

dot

neato