在没有 pygraphviz 的情况下将 networkx 图移植到 graphviz

Question

我在 Python 3 的 windows 机器上工作，尽管付出了很多努力仍无法安装 pygraphviz。单独讨论。

我有 networkx 和 graphviz 模块...是否有在 networkx 中构建网络图并提取为不使用 pygraphviz 的 graphviz 格式显示的范例？

drawing.nx_agraph 和 nx_agraph 中的所有相关功能似乎都需要 pygraphviz，但我已经习惯使用 networkx 并喜欢其中的功能。在 networkx 的文档中，它甚至说他们专注于图形对象的开发而不是实际显示。

Answer 1

您可以使用 pydot (https://pypi.python.org/pypi/pydot) 作为 PyGraphviz

的纯粹 Python 替代品

In [1]: import networkx

In [2]: import sys

In [3]: G = networkx.path_graph(4)

In [4]: networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(G,sys.stdout)
strict graph  {
0;
1;
2;
3;
0 -- 1;
1 -- 2;
2 -- 3;
}

Answer 2

我知道这是一个老问题，但我一直在寻找同样的东西：How to get dot notation from a graph in NetworkX?

（如果你只对答案感兴趣，请跳过这一段。我实际上想显示一个 NetworkX 多图，但即使 NetworkX 是强大的 python 用于处理网络和图形的库, 在显示（渲染）图形和网络时，它的选项相当有限。NetworkX 使用 Matplotlib 提供可视化图形的基本功能，它没有选项可视化多图。NetworkX 不适用于可视化图形，因此在 NetworkX 文档中，他们建议使用一些图形可视化工具，Cytoscape，Gephi、Graphviz。所有这些工具都有某种类型的 python 接口，但最好的（最容易使用）是 graphviz支持Graphviz绘图软件的DOT语言。在graphviz中可视化图形非常简单方便，可以用[=13]这样的短线=] 默认情况下创建一个 PDF 文件并在 y 中打开它我们系统的默认 PDF 查看器，但您也可以查看和创建图像文件，例如 SVG 和 PNG。因此，最好将 NetworkX 图转换为 graphviz 图，为此您需要将 NetworkX 图转换为 DOT 表示法，然后 graphviz.)

Aric 的解决方案很简单，可以打印出图形的 DOT 表示法，但有点 hack，而且在我的情况下，我需要将 DOT 表示法保存在字符串变量中，以便我可以使用它来创建图形在 graphviz 来自那个点符号。

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(source) 是创建 DOT 格式并将其保存到路径（文件句柄）的函数。这个函数的代码是：

@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
    P = to_pydot(G)
    path.write(P.to_string())
    return

这为我们提供了答案的解决方案：

from networkx import path_graph
from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot

G = path_graph(4)
dot = to_pydot(G).to_string()
print(dot)

函数 to_pydot (source) uses pydot library to create pydot.Dot object which has to_string (source) 方法 returns DOT 语言中图形的字符串表示。

P.S.: 要在 graphviz 中呈现 DOT 源代码，您可以这样做：

from graphviz import Source
src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph
src.view()

P.P.S.: 以下两张图显示了使用 Matplotlib（图像左侧）和 graphviz（图像右侧）可视化图形时的差异 networkx.margulis_gabber_galil_graph(3):

在没有 pygraphviz 的情况下将 networkx 图移植到 graphviz

port networkx graph to graphviz without pygraphviz

networkx

graphviz

pygraphviz