置信区间上的 barplot2 错误？

Question

所以，我有这个 table

              Ccela      Cviri      Dfrag      Pfict
     S.obs    1759.00000  634.00000  747.00000 1714.00000
     S.chao1  2610.80685 1374.29167 1192.63830 2192.72862
     se.chao1   83.85972  122.35336   63.93822   55.99704

我希望看到由 barplot2 或任何其他绘制的，其置信区间对应于 se.chao1 行以及 S.obs 和S.chao1 为每一列绘制为一组。

为此，我尝试使用 barplot2()，为此我将最后一行提取到两个文件中（ci.u 和 ci.l）并将其从之前的文件中删除table。这样，在向 ci.l 和 ci.u.

添加一个空行后，我得到了 3 个具有相同尺寸的 tables

运行以下内容：

barplot2(new_barplot, legend = row.names(barplot_est.plot), beside=TRUE, plot.ci = TRUE, ci.l = ci.l[1,], ci.u = ci.u[1,], col=c("lightblue","lightcyan"))

我收到以下错误

Error in barplot2.default(new_barplot, legend = row.names(barplot_est.plot), : ‘height’ and ‘ci.u’ must have the same dimensions.

是否有另一种使用 barplot2 的方法？

如果没有，你能告诉我用 ggplots2 做这件事的方法吗？

提前致谢！

安德烈

Answer 1

看到 Max Ghenis 建议的 link，这可能是一种方法。我先重新整理了你的数据。然后，我创建了 limits，您在绘制误差线时需要它。

library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

data.frame(t(mydf)) %>%
add_rownames() %>%
gather(group, value, - c(rowname, se.chao1)) -> mydf2

limits <- aes(ymax = value + se.chao1, ymin = value - se.chao1)

g <- ggplot(data = mydf2, aes(x = rowname, y = value, fill = group)) +
     geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + 
     geom_errorbar(limits, position = dodge, width = 0.25) +
     labs(x = "Assign your name", y = "Value")

ggsave(g, file = "april12.png")

数据

mydf <- structure(list(Ccela = c(1759, 2610.80685, 83.85972), Cviri = c(634, 
1374.29167, 122.35336), Dfrag = c(747, 1192.6383, 63.93822), 
Pfict = c(1714, 2192.72862, 55.99704)), .Names = c("Ccela", 
"Cviri", "Dfrag", "Pfict"), class = "data.frame", row.names = c("S.obs", 
"S.chao1", "se.chao1"))

编辑

看到 OP 的评论，我做了以下操作。在此版本中，您只会看到 S.chao1.

的错误栏

mutate(mydf2, se.chao1 = replace(se.chao1, which(group == "S.obs"), NA)) -> mydf3

dodge <- position_dodge(width=0.9)

ggplot(data = mydf2, aes(x = rowname, y = value, fill = group)) +
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + 
geom_errorbar(data = mydf3, aes(ymax = value + se.chao1, ymin = value - se.chao1),
              position = dodge, width = 0.25) +
labs(x = "Assign your name", y = "Value")

置信区间上的 barplot2 错误？

barplot2 error on Confidence intervals?

r

bar-chart

ggplot2