如何使用 R 中的 spatstat 在点模式 (ppp) 中将物种绘制为不同颜色？

Question

设置是这样的：森林中 20 x 20 米的样方内有 10 棵树。对于每棵树，我们知道种类、直径（以厘米为单位）以及使用 x,y 坐标在样方内的位置。

我想绘制样方内的树木，其中点的大小按比例缩放，每个物种由不同的色圈表示。

使用此数据作为示例：

tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))

species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")

diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)

x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)

y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)

df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)

首先我创建点图案

species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))

然后我把品种和直径标出来

marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

现在我可以绘制点图案，并且由于直径上的标记，每个点都是按比例缩放的。 “markscale”位设置为 0.01，因为直径测量值以厘米为单位，样方大小以米为单位定义。

plot(species_map, which.marks=2, markscale=.01)

现在我想让不同物种的圆圈有不同的颜色，但这是我卡住的地方。

如果我尝试制作一个包含我的两个标记的图，我只会得到 2 个单独的图，一个使用不同的大小点来表示直径（正确），另一个使用不同的字符来表示不同的物种。

plot(species_map, which.marks= c(1,2), markscale=.01)

我怎样才能得到这个图来代表不同的物种，使用相同字符的不同颜色，同时绘制点以按比例绘制？

我怎样才能让它产生 1 个图？

提前致谢。

周杰伦

Answer 1

奇怪的是，我想不出一个真正优雅的方法来做到这一点。我的最好的办法是按物种将数据分成单独的点模式并循环遍历物种和情节。够了吗？

library(spatstat)
tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)
x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)
y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)
df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)
species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))
marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

您需要选择四种颜色并固定相同的直径范围每个图和执行循环（argumet bg 传递给 symbols 和用这种颜色填充圆圈的背景):

diamrange <- range(diameter)
cols <- c("black", "red", "green", "blue")
species_map_split <- split(species_map, reduce = TRUE)
plot(species_map_split[[1]], markrange = diamrange, markscale=.01,
     main = "", cols = cols[1], bg = cols[1])
#> Warning: Interpretation of arguments maxsize and markscale has changed (in
#> spatstat version 1.37-0 and later). Size of a circle is now measured by its
#> diameter.
for(i in 2:4){
  plot(species_map_split[[i]], markrange = diamrange, markscale=.01,
       add = TRUE, col = cols[i], bg = cols[i])
}

Answer 2

多列标记的符号映射尚未在 spatstat 中实现。所以你需要像 Ege 建议的那样做。

Answer 3

species  <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)
x        <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)
y        <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)
library(spatstat)
Dat <- data.frame(x,y,species, diameter)
X   <- as.ppp(Dat,W=square(20))
marks(X)$species <- factor(marks(X)$species)
ccc <- c("red","green","blue","black")[as.numeric(marks(X)$species)]
plot(X,which.marks="diameter",maxsize=1,main="Elegant?")
plot(X,which.marks="diameter",maxsize=1,bg=ccc,add=TRUE)

#感谢@RolfTurner！

如何使用 R 中的 spatstat 在点模式 (ppp) 中将物种绘制为不同颜色？

How do I plot species as different colours in a point pattern (ppp) using spatstat in R?

plot

ppp

r

ggplot2

spatstat

我想绘制样方内的树木，其中点的大小按比例缩放，每个物种由不同的色圈表示。