渲染时如何将 optparse 参数传递给 R-markdown 文件？

Question

我有一个 Report.Rmd 文件，它生成一个 pdf 文件。在 .Rmd 文件中，我有一些带有 optparse 的代码，它从 Rscript 接收一个参数以使用：

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(optparse)
# get user as option 
option_list <- list(
  make_option(
  c("-u", "--u"), 
  type = "character", 
  default = "username"))
# parse accountId
parser <- OptionParser(
  usage = "%prog [options] file",
  option_list = option_list,
  add_help_option = F)
args <- parse_args(parser, positional_arguments = TRUE)
opt <- args$options
```

当我将此代码（减去 ``` 和 knitr）放入 file.R 和运行时，它与 Rscript 这样：

Rscript file.R -u abcd

代码以 abcd 作为变量 opt$u 的值执行。

问题是，我需要从命令行和使用 optparse 参数创建一个 pdf。我可以用以下方法生成 pdf：

Rscript -e "rmarkdown::render('Report.Rmd')

效果很好，只是 opt$u 的值不正确。那么，如何将 -u 参数添加到 Rscript 中呢？我尝试了像 Rscript -e "-u abcd;rmarkdown::render('Report.Rmd') 这样的东西，它给了我 ERROR: option '-e' requires a non-empty argument。 Rscript -e "-u abcd" -e "markdown::render('Rapportage.Rmd')" 给我同样的错误。如何解决此问题...？

编辑：解决方法可能是调用 file.R，将用户名写入 .RData，然后在 .Rmd 中加载 .RData。但我希望有一种更简单、更清洁的方法...

Answer 1

因此，正如 OP 和我一起发现的那样，可以使用 rmarkdown::render() 的 params 参数在渲染过程中传递参数。它需要一个命名参数列表。为了让它工作，您必须在 YAML header 中设置相同的参数。

示例：

这是我们的文档file.Rmd:

---
title: "MWE"
output: pdf_document
params:
  myName: ""
---

```{r color, results='markup'}
print(params$myName)
```

现在我们可以使用

为 myName 参数传递一个值

rmarkdown::render("file.Rmd", params = list(myName = "Martin"))

请注意，当您在控制台中呈现时，您必须在执行的 R 命令中转义引号：

Rscript -e "rmarkdown::render(\"file.Rmd\", params = list(myName = \"abcd\"))"

渲染时如何将 optparse 参数传递给 R-markdown 文件？

How to pass an optparse argument to a R-markdown file while rendering?

r

r-markdown

rscript

optparse