如何创建具有无序位移数组的 mpi_type_indexed

Question

我有一些数据要写入文件中的特定位置。每个位置都在一个数组中给我。目前我通过在特定位置用 mpi_file_write_at 写入每个变量来编写它们。位置既不连续也不有序，因此程序在文件中来回移动。

DO I=1,SIZE(VALUES)
  POS=ALL_POS(I)
  VAL=VALUES(I)
  CALL MPI_FILE_WRITE_AT(FH,POS,VAL,1,MPI_REAL,MPI_STATUS_IGNORE,IERR)
END DO

但我知道获得良好性能的推荐方法是使用文件视图和集体编写例程。所以我认为解决方案是创建一个 mpi_type_indexed 数组 ALL_POS 作为位移数组。然后用这个类型来描述带有mpi_file_set_view的文件。但是当我这样做时，每次数组未排序时程序都会崩溃。

下面是一个重现我的问题的最小示例。程序编译但出现段错误。如果将 DISPLACEMENTS(3) 的值更改为优于 DISPLACEMENTS(2) 的值，程序将运行没有任何问题。（有时它似乎也适用于某些低于 DISPLACEMENTS(2) 的值，例如 99）

那么是否可以创建一个具有无序位移数组的索引类型并将其用作视图？我在文档中找不到任何相反的说法。唯一的限制似乎是 blocklenghts 数组，它只能是正整数。

  PROGRAM INDEXED
    USE MPI
    IMPLICIT NONE
    REAL :: A(0:15)
    INTEGER :: INDEXTYPE,FH,IERR
    DATA A /1.0,  2.0,  3.0,  4.0,  5.0,  6.0,  7.0,  8.0,
 &          9.0, 10.0, 11.0, 12.0, 13.0, 14.0, 15.0, 16.0 /
    INTEGER(KIND=MPI_OFFSET_KIND) :: OFFSET

    CALL MPI_INIT(IERR)
    CALL CREATE_DATARES_TYPE(INDEXTYPE)

    CALL MPI_FILE_OPEN(MPI_COMM_WORLD, "TEST",
 &                     MPI_MODE_RDWR+MPI_MODE_CREATE,
 &                     MPI_INFO_NULL,FH,IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    OFFSET=0
    CALL MPI_FILE_SET_VIEW(FH, OFFSET,MPI_REAL,
 &                         INDEXTYPE,'NATIVE',
 &                         MPI_INFO_NULL, IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    CALL MPI_FILE_WRITE(FH,A,SIZE(A),MPI_REAL,
 &                      MPI_STATUS_IGNORE,IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    CALL MPI_FILE_CLOSE(FH,IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    CALL MPI_FINALIZE(IERR) 
  END PROGRAM INDEXED

  SUBROUTINE CREATE_DATARES_TYPE(DATARES_TYPE)
    USE MPI
    IMPLICIT NONE
    INTEGER, INTENT(OUT) :: DATARES_TYPE
    INTEGER :: IERR, N
    INTEGER, ALLOCATABLE :: BLOCKLENS(:), DISPLACEMENTS(:)
    N=3
    ALLOCATE(BLOCKLENS(N))
    ALLOCATE(DISPLACEMENTS(N))
    BLOCKLENS(1) = 1
    BLOCKLENS(2) = 3
    BLOCKLENS(1) = 1
    DISPLACEMENTS(1) = 2
    DISPLACEMENTS(2) = 100
    DISPLACEMENTS(3) = 51

    CALL MPI_TYPE_INDEXED(N, BLOCKLENS, DISPLACEMENTS,
 &                        MPI_REAL, DATARES_TYPE, IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    CALL MPI_TYPE_COMMIT(DATARES_TYPE, IERR)
    CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)

    DEALLOCATE(BLOCKLENS)
    DEALLOCATE(DISPLACEMENTS)
  END SUBROUTINE

  SUBROUTINE MPI_CHECK_CALL(IERR)
    USE MPI
    IMPLICIT NONE
    INTEGER, INTENT(IN) :: IERR
    INTEGER :: NERR, RESULTLEN
    CHARACTER(LEN=MPI_MAX_ERROR_STRING) :: SERR
    IF(IERR /= MPI_SUCCESS) THEN
      CALL MPI_ERROR_STRING(IERR,SERR,RESULTLEN,NERR)
      WRITE(*,*)SERR
      CALL BACKTRACE
    END IF
  END SUBROUTINE

Answer 1

派生数据类型构造中存在错误。

应该是

BLOCKLENS(1) = 1
BLOCKLENS(2) = 3
BLOCKLENS(3) = 1

而不是

BLOCKLENS(1) = 1
BLOCKLENS(2) = 3
BLOCKLENS(1) = 1

然后测试在 ompio 和 romio314 组件上都能正常工作。

如何创建具有无序位移数组的 mpi_type_indexed

How to create an mpi_type_indexed with an unordered array of displacements

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