R 找不到 Rcpp 函数

Question

我在 Hadley's manual 之后的 RStudio 中构建了一个 R package（称为 myUtils），它使用 cpp 文件。我的 cpp 文件位于 src 目录中，在运行之后创建：devtools::use_rcpp()，在我的 R 目录下有一个名为 myUtils.R 的文件，这些行：

#' myUtils: A package with various functions for my analyses
#'
#'
#' @docType package
#' @name myUtils
#' @useDynLib myUtils
#' @importFrom Rcpp sourceCpp
NULL

这是我的 cpp 文件：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo, RcppEigen)]]

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppEigen.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
SEXP armaMatMult(arma::mat A, arma::mat B){
  arma::mat C = A * B;

  return Rcpp::wrap(C);
}

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenMatMult(Eigen::MatrixXd A, Eigen::MatrixXd B){
  Eigen::MatrixXd C = A * B;

  return Rcpp::wrap(C);
}

然后我运行 devtools::document() 将 useDynLib(myUtils) 添加到 NAMESPACE 文件。然后我运行 Build & Reload 成功完成，并在 R 目录中创建了 RccpExports.R 文件，其中包含 cpp 函数，例如：

eigenMatMult <- function(A, B) {
    .Call('_myUtils_eigenMatMult', PACKAGE = 'myUtils', A, B)
}

然后我尝试测试 eigenMatMult 但无法识别：

set.seed(1)
A <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
> eigenMatMult(A=A,B=A)
Error: could not find function "eigenMatMult"

并且前面有 myUtils::

时都不会出现

我好像漏掉了什么，但我不知道是什么。

不胜感激。

Answer 1

Rcpp 属性机制本身不会向 NAMESPACE 文件中的导出指令添加功能。我们的示例使用通配符来导出所有内容。

因此，如果您的功能不可见，请执行其中一项或两项操作

通过 ::: 调用，即 myUtils:::eigenMatMult(A, A)
将 eigenMatMult 添加到导出中，手动或通过 roxygen 标签

Answer 2

德克说：

add eigenMatMult to exports, either by hand or via a roxygen tag

如果是由 roxygen2 生成的，我们可能不想手动修改 NAMESPACE:

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

所以，让我们为 roxygen2 添加一个标签，这样它就知道将我们的函数自动添加到 NAMESPACE 文件中。

您的代码示例如下所示：

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenMatMult(Eigen::MatrixXd A, Eigen::MatrixXd B){
  Eigen::MatrixXd C = A * B;

  return Rcpp::wrap(C);
}

它应该看起来像这样（注意带有 //' @export 的行）：

//' @export
// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenMatMult(Eigen::MatrixXd A, Eigen::MatrixXd B){
  Eigen::MatrixXd C = A * B;

  return Rcpp::wrap(C);
}

R 找不到 Rcpp 函数

Rcpp function cannot be found by R

r

devtools

package

rcpp

rstudio