如何更改落在 R 中 pheatmap 函数的确定中断之外的值的颜色

Question

我有 1 个关于 R 中的 pheatmap 函数的问题，如果有人能帮助我，我将非常感激。

1) 在制作作弊图时，我总是使用 break 函数设置中断。然而，如果一个值落在确定的中断之外，它会自动以白色表示。有谁知道如何将我中断的值设置为与我的最大值或最小值相同的颜色？这是使用 "ALL" 库的代码示例：

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
library(ALL)

data("ALL")
expressionData = exprs(ALL)

#setting breaks to 0 to 5 then 5.01 to 10
breaks = c(seq(0, 5, length.out = 101),seq(5.01, 10, length.out = 101))
breaks2 <- breaks

#setting colors
my_palette <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(n = 201)

#running pheatmap with 10 first samples
pheatmap(expressionData[1:10, ], color = my_palette, breaks = breaks2)

image of the pheatmap result

因为示例 1005_at 的某些值高于我的最高断点 10，所以它们最终变成了白色。我如何将高于 10 的值设置为与 10 的值相同的颜色（反之，如果存在低于 0 的值，如何将它们设置为与值 0 相同的颜色）？

非常感谢！！！

Answer 1

这似乎是一个可能的解决方案：

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
library(ALL)

data("ALL")
expressionData = exprs(ALL)

#setting breaks to 0 to 5 then 5.01 to 10
breaks = c(seq(0, 5, length.out = 101),seq(5.01, 10, length.out = 101))
breaks2 <- breaks

#setting colors
my_palette <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(n = 201)

breaks2[length(breaks)] <- max(max(expressionData),max(breaks))
breaks2[1] <- min(min(expressionData),min(breaks))
#running pheatmap with 10 first samples
pheatmap(expressionData[1:10, ], color = my_palette, breaks = breaks2)

如何更改落在 R 中 pheatmap 函数的确定中断之外的值的颜色

How to change the color of values that fall outside the determined breaks of the pheatmap function in R

r

pheatmap