从R中数据框中的列表中的数据框中提取行

Question

我在 R 中使用 RISmed 包来从 PubMed 获取信息。 'Mesh' 包函数允许我获取每个引用的 MeSH 术语。然而它是一个列表，包含一个数据框。除了相应的引文 ID (PMID) 之外，我还想列出每个 MeSH 术语。例如，我可以构造一个包含两个值的 table：

table = cbind(ArticleId(MedlineObject),Mesh(MedlineObject))

第一列是一个字符对象，第二列是一个列表，包含一个数据框。如果第 1 列内的值为“29145282”，第 2 列的内容为 "Cardiomyopathy, Hypertrophic"、"Combined Modality Therapy" 和 "Diagnosis, Differential"，我想获得：

"29145282","Cardiomyopathy, Hypertrophic"
"29145282","Combined Modality Therapy"
"29145282","Diagnosis, Differential"

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

查看 tidyr 和 tibble 包。请务必查看 nest() 和 unnest() 函数。没有可重现的例子，我无法给你更多的建议。

x = 1:5
data <- lapply(x, function(i){
  data.frame(y = 1:5 * i)
})

temp = tibble::tibble(x, data)
temp
tidyr::unnest(temp)

Answer 2

我想用 myeloma 作为 medline object 的例子，因为我没有你的数据。 myeloma 是 RISmed 包中的医学数据。

首先通过 mapply 和 cbind:

将 id 添加到列表中的所有数据帧

MedList = mapply(cbind, "ID"=ArticleId(myeloma),Mesh(myeloma),SIMPLIFY = FALSE)

然后通过 do.call 和 rbind:

将所有列表合并到一个数据帧中

MedFrame = do.call("rbind",MedList)

你只需要将代码中的'myeloma'改成你自己的MedlineObject

从R中数据框中的列表中的数据框中提取行

Extract rows from dataframe inside list inside dataframe in R

packages

r

pubmed