使用 ggplot2 可视化统计测试结果

Question

我想将我的统计测试结果整合到我的绘图中。我的带有虚拟变量的脚本示例（下面的虚拟数据在第一个 post 之后生成）：

cases <- rep(1:1:5,times=10)
var1 <- rep(11:15,times=10)
outcome <- rep(c(1,1,1,2,2),times=10)

maindata <- data.frame(cases,var1,outcome)

df1 <- maindata %>%
  group_by(cases) %>%
  select(cases,var1,outcome) %>%
  summarise(var1 = max(var1, na.rm = TRUE), outcome=mean(outcome, na.rm =TRUE))

wilcox.test(df1$var1[df1$outcome<=1], df1$var1[df1$outcome>1])

ggplot(df1, aes(x = as.factor(outcome), y = as.numeric(var1), fill=outcome)) + geom_boxplot()

有了这些，一切正常，但我无法找到一种方法将我的 wilcox.test 结果自动集成到我的绘图中（当然我可以使用 annotation() 并手动编写结果，但那是不是我想要的。

我的脚本生成两个箱线图，y 轴上的最大值为 var1，x 轴上按结果分组（只有两个不同的结果值）。我想将我的 wilcox.test 结果添加到该箱线图中，所有其他相关数据都存在。试图从论坛和帮助文件中找到方法，但找不到方法（至少在 ggplot2 中）

我是 R 的新手，正在尝试通过使用 ggplot2 和 dplyr 来学习东西，我认为它们是用于操作和可视化的最直观的包。不知道它们是否是我所追求的解决方案的最佳选择，所以请随时从替代包中提出解决方案...

Answer 1

我认为这个数字显示了你想要的。我还在代码中添加了一些部分，因为您是 ggplot2 的新手。接受或离开它们，但我确实做了一些事情来制作出版质量数字：

wtOut = wilcox.test(df1$var1[df1$outcome<=1], df1$var1[df1$outcome>1])
exampleOut <- ggplot(df1, 
     aes(x = as.factor(outcome), y = as.numeric(var1), fill=outcome)) + 
     geom_boxplot() + 
     scale_fill_gradient(name = paste0("P-value: ", 
                                       signif(wtOut$p.value, 3), "\nOutcome")) +
     ylab("Variable 1") + xlab("Outcome") + theme_bw()

ggsave('exampleOut.jpg', exampleOut, width = 6, height = 4)

如果要将 p 值作为自己的图例包含在内，看起来是 some work, but doable。

或者，如果您愿意，只需将 signif(wtOut$p.value, 3) 放入 annotate(...)。你只需要想出放置它的规则。

使用 ggplot2 可视化统计测试结果

visualizing statistical test results with ggplot2

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ggplot2