如何extract/view多帧DICOM文件的所有帧？

Question

我知道我可以使用以下代码查看 dicom 文件：

import dicom
from dicom.contrib.pydicom_PIL import show_PIL

f = "CT-MONO2-8-abdo.dcm"
ds = dicom.read_file(f, force=True)
show_PIL(ds)

但是，如何从多帧 DICOM 文件中提取和查看所有帧？我尝试使用上面的代码但出现以下错误：

File "/home/auser/.local/lib/python3.5/site-packages/dicom/dataset.py", line 399, in _get_pixel_array
  raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array")
NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array

我曾尝试使用位于 http://www.barre.nom.fr/medical/samples/ 的一些多帧文件。像素大小等可用于这些文件。

如何提取 and/or 查看多帧 DICOM 文件的不同帧？

编辑：使用 gdcm 的以下命令适用于 Linux 将这些文件转换为未压缩的文件：

$ gdcmconv --raw compressed.dcm uncompressed.dcm

（提取后我使用了http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/US-PAL-8-10x-echo.gz个文件）。

然后由上面的 python 代码读取，但只显示第一帧。如何提取和查看其他帧？

Answer 1

pydicom 支持读取像素数据。请参阅 this 文档。

pydicom tends to be “lazy” in interpreting DICOM data. For example, by default it doesn’t do anything with pixel data except read in the raw bytes:
import dicom
ds=dicom.read_file("MR_small.dcm")
ds.PixelData
'\x89\x03\xfb\x03\xcb\x04\xeb\x04\xf9\x02\x94\x01\x7f ...
...

关于pixel_array

A property of Dataset called pixel_array provides more useful pixel data for uncompressed images. The NumPy numerical package must be installed on your system to use this property, because pixel_array returns a NumPy array:
import dicom
ds=dicom.read_file("MR_small.dcm")
ds.pixel_array
array([[ 905, 1019, 1227, ...,  302,  304,  328],
       [ 628,  770,  907, ...,  298,  331,  355],
       [ 498,  566,  706, ...,  280,  285,  320],
       ...,
       [ 334,  400,  431, ..., 1094, 1068, 1083],
       [ 339,  377,  413, ..., 1318, 1346, 1336],
       [ 378,  374,  422, ..., 1369, 1129,  862]], dtype=int16)
ds.pixel_array.shape
(64, 64)

文档还解释了如何在 http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/viewing_images.html 上查看图像。

如错误消息中所述（以及评论中的@kritzel_sw），pydicom 尚不支持源图像的传输语法。在尝试提取帧之前使用其他工具更改传输语法。

Rony 的另一个有用的博客 http://dicomiseasy.blogspot.in/2012/08/chapter-12-pixel-data.html

同时检查 this Stack Overflow 问题；它是关于旧版本的，但可能会有帮助。

如何extract/view多帧DICOM文件的所有帧？

How to extract/view all frames of a multi-frame DICOM file?

python

image

dicom

pydicom