试图从 pdb 文件中取出所有 ATOM

Question

您好，我正在尝试从 pdb 文件中删除所有以 ATOM 开头的行。出于某种原因，我遇到了麻烦。我的代码是：

open (FILE, $ARGV[0])
    or die "Could not open file\n";

my @newlines;
my $atomcount = 0;
while ( my $lines = <FILE> ) {
    if ($lines =~ m/^ATOM.*/) {
    @newlines = $lines;
    $atomcount++;
}
}

print "@newlines\n";
print "$atomcount\n";

Answer 1

行

 @newlines = $lines;

将 $lines 重新分配给数组 @newlines 并因此在 while 循环的每次迭代中覆盖它。你宁愿追加每个$lines到@newlines，所以

push @newlines, $lines;

会起作用。

旁注：变量名$lines应该是$line（只是为了便于阅读）因为它只是一行，而不是多个行.

无需显式计算附加到 @newlines 的项目（使用 $atomcount++;），您可以在循环后使用 @newlines 中的项目数：

my @newlines;
while ( my $line = <FILE> ) {
    if ($line =~ m/^ATOM.*/) {
        push @newlines, $line;
    }
}

my $atomcount = @newlines; # in scalar context this is the number of items in @newlines
print "@newlines\n";
print "$atomcount\n";

试图从 pdb 文件中取出所有 ATOM

Trying to take out all ATOM from pdb file

regex

bash

shell

perl

pdb-files