如何从pdb文件中取出某些元素

Question

我正在尝试从 pdb 文件中取出某些列。我已经在我的代码中删除了所有以 ATOM 开头的行。出于某种原因，我的子功能无法正常工作，我不知道在哪里或如何调用它们。我的代码是：

open (FILE, $ARGV[0])
    or die "Could not open file\n";

my @newlines;
 while ( my $line = <FILE> ) {
    if ($line =~ m/^ATOM.*/) {
    push @newlines, $line;
    }
}

my $atomcount = @newlines;
#print "@newlines\n";
#print "$atomcount\n";

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#This function will take out the element from each line
#The element is from column 77 and contains one or two letters

sub atomfreq {
    foreach my $record1(@newlines) {
      my $element = substr($record1, 76, 2);
      print "$element\n";
      return;
    }
}

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#This function will take out the residue name from each line
#The element is from column 18 and contains 3 letters

sub resfreq {
    foreach my $record2(@newlines) {
      my $residue = substr($record2, 17, 3);
      print "$residue\n";
      return;
    }
}

Answer 1

您可以直接在您的其他代码下调用它们，如下所示：

atomfreq();
resfreq();

Answer 2

正如@Ossip 在中所说，您只需调用您的函数：

sub atomfreq {
    ...
}

sub resfreq {
    ...
}

atomfreq();
resfreq();

但是我不确定这些函数是否按照你的意图进行，因为评论暗示它们应该打印 every $residue 和 $element 来自 @newlines 数组。您在 for 循环中放置了一个 return 语句，它将立即从整个函数（及其 for 循环）中 return ，因此它将仅打印第一个 $residue 或 $element。因为函数不应该 return 任何你可以删除该语句的东西：

sub atomfreq {
    foreach my $record1(@newlines) {
        my $element = substr($record1, 76, 2);
        print "$element\n";
    }
}

sub resfreq {
    foreach my $record2(@newlines) {
        my $residue = substr($record2, 17, 3);
        print "$residue\n";
    }
}

atomfreq();
resfreq();

如何从pdb文件中取出某些元素

How to take out certain elements from a pdb file

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