如何相对于参考系移动蛋白质坐标

Question

我有一个 PDB 文件“1abz”(https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb)，其中包含蛋白质结构的坐标。请忽略 header 注释行，有趣的信息从第 276 行开始 'MODEL 1'。

我想在原点（即 x=0、y=0、z=0）相对于参考坐标系移动坐标并生成一个新的坐标文件。

我通读了 biopython 教程 (http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ), used the transform method of the Atom object (http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.PDB.Atom.Atom-class.html#transform)，并想出了这个脚本，但没有成功。

我该怎么做？非常感谢！

from Bio import PDB
import numpy as np

parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz','1abz.pdb')

for model in struct:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            for atom in residue:
                def rotmat():
                    rotation = rotmat(np.pi, Vector(0.0, 0.0, 0.0))
                    translation = np.array((0.0, 0.0, 0.0), 'f')
                    atom.transform(rotation, translation)

io.set_structure(struct)
io.save('1abz_coord.pdb')

Answer 1

在你的最后一个循环中 for atom in residue 你每次循环一个原子时都定义了函数 rotmat 但你从未调用该函数。
尝试删除行 def rotmat():
目前你的 rotation 和你的 translation 都不会改变原子坐标。

如果您想将 C1 定义为您的参考点，您可以使用以下代码。

rotation_matrix 只是一个不旋转蛋白质的矩阵。 np.array([[1, 0, 0], [0, 1, 0], [0, 0, 1]]) 也会这样做。

from Bio import PDB
import numpy as np

parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz','1abz.pdb')

rotation_matrix = PDB.rotmat(PDB.Vector([0, 0, 0]), PDB.Vector([0, 0, 0]))

for atom in struct.get_atoms():
    atom_C1 = atom.coord.copy()
    break

for model in struct:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            for atom in residue:
                atom.transform(rotation_matrix, -atom_C1)

io.set_structure(struct)
io.save('1abz_coord.pdb')

如何相对于参考系移动蛋白质坐标

How to move protein coordinates with respect to a reference frame

python

protein-database

biopython