如何在 pymol 命令行中启用 python 循环？

Question

Here said the script should be used within the pymol commandline. I would like to output many distances using a loop after reading this。但我收到错误消息：

File "<string>", line 1
    for i in range(resi_total_n):
                                ^
SyntaxError: unexpected EOF while parsing

我的代码是：

from pymol import cmd
mol_name='name'
resi=10 # the target residue number
resi_total_n=500 # the total residue number

f=open('dist.txt','w')
resi_n=0
for i in range(resi_total_n):
    resi_n += 1
    dst=cmd.distance('tmp',mol_name+'///'+str(resi)+'/ca',mol_name+'///'+str(resi_n)+'/ca') #the alpha carbon
    f.write("%8.3f\n"%dst)
f.close()

Answer 1

Here 我找到了答案：

尝试编程时，最好坚持 Python。救球以下为 script.py 并在 Pymol 中使用 run script.py 或只需发出 pymol script.py

Answer 2

您不需要运行将脚本作为单独的文件。您可以将 for 循环全部放在一行中，例如

当您运行此代码时：

for c in chains:
    print c

您收到此错误：

File "toplevel", line 1
for c in chains:
               ^

SyntaxError: unexpected EOF while parsing

但是如果你写：

for c in chains: print(c)

给出输出

A
B
C
D

如何在 pymol 命令行中启用 python 循环？

How to enable python loop in pymol command line?

python

pymol