如何使用遗传学在我的 GA 中绘制不同世代的适应度

Question

一般来说，您会如何打印或绘制使用 jenetics 库创建的每一代的适应度分数？

更具体的我自己的代码：

private static double clashes(final Genotype<EnumGene<Integer>> gt) {
        // Calculate the path distance.



                final int[] intTriplets=gt.getChromosome().stream().mapToInt(EnumGene<Integer>::getAllele).toArray();
                ArrayList<Triplet> triplets=new ArrayList<Triplet>();
                for(int i=0;i<intTriplets.length;i++)
                {
                    Triplet e=intToTriplet.get(intTriplets[i]);
                    triplets.add(e);
                }
                double clashes=returnScore(triplets);

        return (clashes);



public static void main(String[] args) {
        final Engine<EnumGene<Integer>, Double> engine = Engine
            .builder(
                GA::clashes,
                PermutationChromosome.ofInteger(REQUIREMENTS))
            .optimize(Optimize.MINIMUM)
                        .offspringFraction(0.75)//0.6 standaard
                        .survivorsSelector (new TournamentSelector <>(7) )  //standaard new TournamentSelector <>(3)
                        .offspringSelector (new RouletteWheelSelector <>() )  //standaard new TournamentSelector <>(3)
            .maximalPhenotypeAge(40)//standaard 70
            .populationSize(1000)

                       //.selector(new TournamentSelector<>(5))
            .alterers(
                new SwapMutator<>(0.02),
                new PartiallyMatchedCrossover<>(0.7))
            .build();

我注意到可能会过早收敛，因为尽管将稳态适应度限制设置为 200，但我只获得了有限的世代。所以我想弄清楚适应度得分的变化接近于 0 的那一代，以及打印每一代中最佳元素的适应度得分。

Answer 1

您可以使用Stream.peek方法打印出进化过程中的信息： java EvolutionResult<EnumGene<Integer>, Double> stream = engine.stream() .limit(100) .peek(er -> System.out.println(er.getBestPhenotype())) .collect(EvolutionResult.toBestEvolutionResult()); 这将为每一代打印出最佳表型。

如何使用遗传学在我的 GA 中绘制不同世代的适应度

How to plot the fitness of different generations in my GA using jenetics

java

genetic-algorithm

jenetics