基于数据框中另一个字符向量的向量条件替换

Question

我有一个数据框，其中包含名为 "mutation" 的列。它们可以是像 "C > A" 这样的 SNP，像 "+TTTAAG" 这样的插入或像 "-CTTGA" 这样的删除。例如：

**position** **mutation**
1234           C > A
1452           +TTTAAG
2734           -CTTGA

我要R在突变列（“>”、“+”或“-”）中搜索特定字符并分别写入"SNP"、"insertion"或"deletion"数据框中的新列，所以我希望得到以下结果：

**position** **mutation**  **mutation_type**
1234           C > A             SNP
1452           +TTTAAG         insertion
2734           -CTTGA           deletion

我尝试做以下事情：

mutation_type <- rep(NA, length(df$position)))
df$mutation_type <- mutation_type #creating a new column with NAs

正在尝试：

while(grep(pattern = "-", df$mutation)){
  df$mutation_type <- "deletion"
}

只需覆盖 mutation_type 列中的每个单元格。你能给我一个解决这个问题的建议吗？

Answer 1

使用 grep 和 ifelse 的解决方案：

genotype <- data.frame(position = 1:3,
                       mutation = c("C > A", "+TGCA", "-ACGT"))
genotype$mutation_type <- 
    ifelse(grepl("\+", genotype$mutation), "Insertion", 
           ifelse(grepl("\-", genotype$mutation), "Deletion", "SNP"))

  position mutation mutation_type
1        1    C > A           SNP
2        2    +TGCA     Insertion
3        3    -ACGT      Deletion

基于数据框中另一个字符向量的向量条件替换

Conditional replacement in vector based on the another character vector in dataframe

conditional

r

vector

character

dataframe