如何打印图案中不匹配的字母

Question

我有两套蛋白质序列数据。如您所见，这 2 个序列看起来相同，但实际上它们之间有 1 个不同的氨基酸（字母）。

例如：

文件 1：

TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISEVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K

文件 2：

TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISVVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K

期望的输出：

文件 1：

文件 2：

我知道我们可以使用 grep、comm、diff 命令从两组数据中打印出不同的模式；搜索基于行。但是在这种情况下，我该如何打印这两种模式之间不同的字母呢？谢谢

Answer 1

我认为这里不需要 re 模块。只需一个循环即可修复您的代码。

file1='TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISEVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K'
file2='TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISVVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K'
for i in range(len(file1)):
    if(file1[i]!=file2[i]):
        print(file1[i]),(file2[i])

你的输出是：E V

在这里，我们逐个字母地比较文件。

Answer 2

循环:

test_two_strings <- function(string1 = file1, string2 = file2){
                          for(i in 1:nchar(file1)){
                            if (substr(file1, i, i) != substr(file2,i, i)){
                              cat(paste("File 1:", substr(file1, i, i) ,"File 2:", substr(file2, i, i),sep = "\n"))
                              break()
                                       }
                                  }
                             }

microbenchmark(test_two_strings(), times = 1000)

VUnit: microseconds
               expr     min      lq     mean  median      uq      max neval
 test_two_strings() 133.927 144.199 169.5508 148.544 160.791 2132.148  1000

Answer 3

你也可以试试这个，我正在比较每两个字符串，如果条件失败我会在字符串之间进行检查。

str1 ="TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSESsVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K"
str2 ="TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSVSsVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K"

for i in range(len(str1)/2):
    if(str1[i:i+2] !=  str2[i:i+2]):
         if  (str1[i:i+1] !=  str2[i:i+1]):
            str1[i:i+1]+"\n"+str1[i+1:i+2]
         else:
            print str1[i+1:i+2]+"\n"+str2[i+1:i+2]

如何打印图案中不匹配的字母

How to print unmatched letter from a pattern

python

r

perl

pattern-matching

letter