PyMC3 (Metropolis-Hastings) 的录取率

Question

有谁知道我如何在 PyMC3 (Metropolis-Hastings) 中查看最终接受率？或者一般来说，我怎样才能看到 pymc3.sample() returns 的所有信息？

谢谢

Answer 1

让step = pymc3.Metropolis()作为我们的采样器，我们可以通过

得到最终的接受率

"step.accepted"

仅供像我这样的初学者 (pymc3)，在每个 variable/obj 之后。放一个“。”并按下 Tab 键；你会看到一些有趣的建议 ;)

Answer 2

举个例子，首先建立模型：

import pymc3 as pm3

sigma = 3 # Note this is the std of our data
data = norm(10,sigma).rvs(100)
mu_prior = 8
sigma_prior = 1.5  # Note this is our prior on the std of mu

plt.hist(data,bins=20)
plt.show()

basic_model = pm3.Model()

with basic_model:
    # Priors for unknown model parameters
    mu = pm3.Normal('Mean of Data',mu_prior,sigma_prior)
    # Likelihood (sampling distribution) of observations
    data_in = pm3.Normal('Y_obs', mu=mu, sd=sigma, observed=data)

其次，进行模拟：

chain_length = 10000 

with basic_model:
    # obtain starting values via MAP
    startvals = pm3.find_MAP(model=basic_model)
    # instantiate sampler
    step = pm3.Metropolis() 
    # draw 5000 posterior samples
    trace = pm3.sample(chain_length, step=step, start=startvals)

利用上面的例子，可以这样计算录取率：

accept = np.sum(trace['Mean of Data'][1:] != trace['Mean of Data'][:-1])
print("Acceptance Rate: ", accept/trace['Mean of Data'].shape[0])

（在网上的教程中找到了这个解决方案，但不是很懂。）

参考：Introduction to PyMC3

Answer 3

我查了一下NUTS算法，从这里找到了解决方案pymc3 forum。

trace.mean_tree_accept.mean()

PyMC3 (Metropolis-Hastings) 的录取率

Acceptance-rate in PyMC3 (Metropolis-Hastings)

python

pymc3