如果输入文件之一比输出文件之一更新，或者输入文件之一将被另一个作业更新，Snakemake 只会重新运行作业

Question

我是 snakemake 的新手。当我在snakemake的Docks中阅读Snakemake教程时，the last sentence in step one，我无法理解什么意思。谁能解释一下，非常感谢！

Snakemake only re-runs jobs if one of the input files is newer than one of the output files or one of the input files will be updated by another job.

Answer 1

这意味着当你运行 Snakemake 时，它​​会寻找工作流中定义的结果文件（这里是mapped_reads/A.bam）。如果文件已经存在，Snakemake 将不会 运行 工作流程。但它也会检查所涉及文件的时间戳。如果更改输入文件，它也可能会更改输出。因此，如果 Snakemake 发现输入比输出更新，它将重新运行 工作流程。