用 python 格式解析 BLAST.xml 需要小写字符串

Question

Returns 值错误：searchIO_utils.py.
中的第 25 行需要格式（小写字符串） AtCBL1_CDS.txt 是一个包含 fasta 格式的蛋白质序列的文件。
我想知道如何正确访问我的 BLAST 输出。

from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML
from Bio import SearchIO
#open query file as fasta_file
fasta_file= open("AtCBL1_CDS.txt").read()

#set up blast parameters
result = NCBIWWW.qblast ("blastp", "prot", fasta_file)


#run and create my_blast as output file
with open("my_blast.xml", "w") as out_handle:
    out_handle.write(result.read())

#close file
result.close()
out_handle.close()

result_handle=open("my_blast.xml")

blastp_result=SearchIO.read(result_handle)
print(blastp_result)

Answer 1

SearchIO.read的第二个参数应该是小写格式参数：

format - 表示支持格式之一的小写字符串。例如 blast-xml 用于 XML blast 格式。

在您的情况下，该行应为：

blastp_result=SearchIO.read(result_handle,'blast-xml')

用 python 格式解析 BLAST.xml 需要小写字符串

parsing BLAST.xml with python-format required lower case string

python

xml

blast