系统错误（粘贴（"identify"，shQuote（文件名）），实习生 = TRUE：'identify' 未找到

Question

我尝试将 R 与 Bioconductor 结合使用来创建用于分析大型流式细胞术数据集的通用工作流程。我基本跟着this guide.

但是，我被质量控制部分卡住了。一般来说，任务是创建一个文件夹并将 pdf 写入其中。代码很简单：

QAdest <- tempdir()
qp1 <- qaProcess.marginevents(flowdata, channels = c("FSC-A","SSC-A"),
                              outdir = QAdest, pdf = T) 
qp2 <- qaProcess.cellnumber(tData, outdir = QAdest, cFactor = 2, pdf = TRUE)
qp3 <- qaProcess.timeline(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 1, pdf = TRUE)
qp4 <- qaProcess.timeflow(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 2, pdf = TRUE)

url <- writeQAReport(tData, processes = list(qp1, qp2, qp3, qp4), outdir = QAdest, pdf = TRUE)

不幸的是，这段代码不起作用，我总是收到以下错误消息：

Error in system(paste("identify", shQuote(fileName)), intern = TRUE) : 
  'identify' not found

变量 flowdata 和 tData 之前被定义为流集，并与其他函数一起使用。此外，R 成功创建了单独的摘要，但由于提到的错误没有定义变量 qp1 到 qp4。因此 writeQAReport 函数不起作用。

另外，使用另一个目录（而不是 tempdir 文件夹）也不起作用。我还重新安装了 R 和 RStudio，但没有用。

我想这个错误与 bioconductor 本身无关，而是与所进行的系统调用有关。我找不到解决此问题的方法，希望您能帮助我。

我是运行 Windows 10，如果重要的话，我会使用 RStudio。

非常感谢！

Answer 1

您在上面引用的行试图调用系统函数 identify，我认为它来自 ImageMagick，因此需要在您的计算机上安装 ImageMagick。

也许 more recent workflow（你引用的那个是 8 岁的）更有帮助？

系统错误（粘贴（"identify"，shQuote（文件名）），实习生 = TRUE：'identify' 未找到

Error in system(paste("identify", shQuote(fileName)), intern = TRUE): 'identify' not found

r

bioconductor