如何正确使用 chomp 命令摆脱 perl 中的 \n 字符？

Question

我的问题很简单：我有一个看起来像这样的数据库：

我的目标只是消除每个序列行末尾的换行符 \n，而不是 HEADER，我尝试了以下代码

#!/usr/bin/perl
use strict;
my $db = shift;
my $outfile= "Silva_chomped_for_R_fin.fasta";
my $header;
my $seq;
my $kick = ">";

open(FASTAFILE, $db);
open(OUTFILE,">". $outfile);

while(<FASTAFILE>) {
    my $currentline = $_;
    chomp $currentline;
    if ($currentline =~ m/^$kick/) {
        $header = $currentline;
    } else {
        chomp $currentline;
        $seq = $currentline;
    }
    my $path = $header.$seq."\n";
    print(OUTFILE $path);
}

close OUTFILE;
close FASTAFILE;
exit;

但是我得到了以下内容

好像 chomp 根本不起作用.. 知道我做错了什么吗？多谢阿尔弗雷多

Answer 1

您的 while() 循环存在三个问题。

你在循环开始时 chomp() 是无条件的。
你就是 re-adding 循环结束时的换行符（打败前面chomp()的目的）。
您正在将 header 连接到每一行。

这是一个简化版本。

use strict;
use warnings;

my $db = shift;
my $outfile = "out.fasta";

open(my $fh, "<", $db) or die "Could not open input file";
open(my $out, ">", $outfile) or die "Could not open output file";

my $header;

while (<$fh>) {
    $header = /^>/;
    chomp unless $header;
    print $out $. > 1 && $header && "\n", $_;
}

close $out;
close $fh;

行

print $out $. > 1 && $header && "\n", $_;

如果此行以“>”开头，

将有条件地在输出前添加一个换行符 - 除非它是文件中的第一行。（$. 变量是当前行号。）

来源： ikegami 发现了我的原始代码中的一个错误，即在输入数据库中允许多个序列。

Answer 2

my $add_lf = 0;
while (<>) {
   chomp;
   if (/^>/) {
      print("\n") if $add_lf;
      print("$_\n");
      $add_lf = 0;
   } else {
      print;
      $add_lf = 1;
   }
}

print("\n") if $add_lf;

如何正确使用 chomp 命令摆脱 perl 中的 \n 字符？

How do I use correctly chomp command to get rid of \n character in perl?

variables

perl

implicit

chomp