如何在 r 中的多重比较中将字符串变量传递给 multcomp::glht 函数

Question

我正在进行单向方差分析和 post-Hoc 多重比较。以 mtcars 数据集为例：

mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)
aov<- aov(mpg~cyl, data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))

但是，我不想将变量硬编码为 cyl。所以我创建了一个变量 var='cyl':

var <- 'cyl'
aov <- aov(as.formula(paste('mpg~', var)), data=mtcars)
summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp( var='Dunnet')))

我收到错误消息：

Error in mcp2matrix(model, linfct = linfct) : Variable(s) ‘var’ have been specified in ‘linfct’ but cannot be found in ‘model’!

我认为问题出在 mcp 函数中传递 var。我怎样才能解决这个问题？我试过： as.name(var) , eval(quote(var))... 但运气不好.. 非常感谢您的帮助。

Answer 1

我们可以使用 do.call 方法

aov1 <- do.call("aov", list(formula = as.formula(paste('mpg~', var)), data = quote(mtcars)))
out2 <- summary(multcomp::glht(aov1, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), var))))

检查 OP 中的输出 post

out1 <- summary(multcomp::glht(aov, linfct=mcp(cyl='Dunnet')))
all.equal(aov, aov1)
#[1] TRUE

all.equal(out1, out2)
#[1] TRUE

以上可以封装在一个函数中

f1 <- function(dat, Var){
      form1 <- formula(paste('mpg~', Var))
      model <- aov(form1, data = dat)
      model$call$formula <- eval(form1)
      model$call$data <- substitute(dat)
      summary(multcomp::glht(model, linfct = do.call(mcp, setNames(list("Dunnet"), Var))))

   }

f1(mtcars, var)

如何在 r 中的多重比较中将字符串变量传递给 multcomp::glht 函数

how to pass a string variable to multcomp::glht function in multiple comparison in r

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