net_run 的 BRATS17 个参数

Question

晚上好，我正在尝试重现 Wang 等人的结果。将他们的级联卷积网络与 NiftyNet 结合使用。尽管如此，当尝试使用 :

训练 CNN 时

net_run train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

它确实启动了 brats_segmentation APP 并创建了 csv，但随后出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/bin/net_run", line 11, in <module>
sys.exit(main())
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/__init__.py", line 114, in main
app_driver.initialise_application(system_param, input_data_param)
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/engine/application_driver.py", line 185, in initialise_application
data_param, app_param, data_partitioner)
TypeError: initialise_dataset_loader() takes from 1 to 3 positional arguments but 4 were given

我不知道如何解决这个问题！所以每一个帮助都会受到欢迎。最好的问候

保罗

Answer 1

似乎 net_run 正在调用旧版本的 brats_segmentation 应用程序。

使用最新的模型动物园版本的应用程序应该可以工作，请参阅自述文件：https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNetExampleServer/blob/master/anisotropic_nets_brats_challenge_model_zoo.md

net_run 的 BRATS17 个参数

BRATS17 arguments for net_run

python

niftynet