按 x 比例缩放 matplotlib.pyplot.Axes.scatter 标记大小

Question

我想根据 x/y-axis 上的点数缩放 matplotlib.pyplot.Axes.scatter 图的 markersize。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

vmin = 1
vmax = 11

x = np.random.randint(vmin, vmax, 5)
y = np.random.randint(vmin, vmax, 5)

fig, ax = plt.subplots()
for v in np.arange(vmin, vmax):
    ax.axvline(v - 0.5)
    ax.axvline(v + 0.5)
    ax.axhline(v - 0.5)
    ax.axhline(v + 0.5)

ax.set_xlim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)
ax.set_ylim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)
ax.scatter(x, y)

ax.set_aspect(1)
plt.show()

ax 始终使用相等的纵横比，并且两个轴具有相同的 lim 值。

目前，运行以上生成以下情节...

...并更改 vmax = 41 的值

两个图中的 markersize 保留为默认值，即 markersize=6。

我的问题是，如何计算 markersize 值，以便 marker 触及每个单元格的边缘？（每个单元格最多有一个数据点。）

Answer 1

使用圈子

一个简单的选择是用半径为 0.5 的 Circles 组成的 PatchCollection 替换散点图。

circles = [plt.Circle((xi,yi), radius=0.5, linewidth=0) for xi,yi in zip(x,y)]
c = matplotlib.collections.PatchCollection(circles)
ax.add_collection(c)

使用带有数据单位大小标记的散点图

如果需要散点图，替代方法是将标记大小更新为数据单位。

这里最简单的解决方案是先绘制图形一次，然后获取轴大小并从中计算以点为单位的标记大小。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

vmin = 1
vmax = 11

x = np.random.randint(vmin, vmax, 5)
y = np.random.randint(vmin, vmax, 5)

fig, ax = plt.subplots(dpi=141)
for v in np.arange(vmin, vmax):
    ax.axvline(v - 0.5)
    ax.axvline(v + 0.5)
    ax.axhline(v - 0.5)
    ax.axhline(v + 0.5)

ax.set_xlim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)
ax.set_ylim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)

ax.set_aspect(1)
fig.canvas.draw()
s = ((ax.get_window_extent().width  / (vmax-vmin+1.) * 72./fig.dpi) ** 2)

ax.scatter(x, y, s = s, linewidth=0)

plt.show()

有关如何使用散点标记大小的一些背景信息，请参见例如this answer。上述解决方案的缺点是将标记大小固定为图的大小和状态。如果轴限制发生变化或图被缩放，散点图将再次具有错误的大小。

因此，以下解决方案将更通用。这有点复杂，与 Plotting a line with width in data units.

的工作方式类似

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

vmin = 1
vmax = 32

x = np.random.randint(vmin, vmax, 5)
y = np.random.randint(vmin, vmax, 5)

fig, ax = plt.subplots()
for v in np.arange(vmin, vmax):
    ax.axvline(v - 0.5)
    ax.axvline(v + 0.5)
    ax.axhline(v - 0.5)
    ax.axhline(v + 0.5)

ax.set_xlim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)
ax.set_ylim(vmin - 0.5, vmax + 0.5)

class scatter():
    def __init__(self,x,y,ax,size=1,**kwargs):
        self.n = len(x)
        self.ax = ax
        self.ax.figure.canvas.draw()
        self.size_data=size
        self.size = size
        self.sc = ax.scatter(x,y,s=self.size,**kwargs)
        self._resize()
        self.cid = ax.figure.canvas.mpl_connect('draw_event', self._resize)

    def _resize(self,event=None):
        ppd=72./self.ax.figure.dpi
        trans = self.ax.transData.transform
        s =  ((trans((1,self.size_data))-trans((0,0)))*ppd)[1]
        if s != self.size:
            self.sc.set_sizes(s**2*np.ones(self.n))
            self.size = s
            self._redraw_later()
    
    def _redraw_later(self):
        self.timer = self.ax.figure.canvas.new_timer(interval=10)
        self.timer.single_shot = True
        self.timer.add_callback(lambda : self.ax.figure.canvas.draw_idle())
        self.timer.start()


sc = scatter(x,y,ax, linewidth=0)

ax.set_aspect(1)
plt.show()

（由于 this issue，我更新了代码以使用计时器重绘 canvas）

按 x 比例缩放 matplotlib.pyplot.Axes.scatter 标记大小

Scale matplotlib.pyplot.Axes.scatter markersize by x-scale

python

scatter

matplotlib

使用圈子

使用带有数据单位大小标记的散点图