Python 图书馆 Reference/Usage
Python Library Reference/Usage
我正在尝试使用 BioPython 包中的方法来计算给定肽列表的等电点。 class 细分可以在这里看到:
为了将此 class 导入我的环境,我使用了以下代码(我这样做对吗?):
from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
然后,为了调用该方法,我执行以下操作:
window_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql";
ProteinAnalysis.isoelectric_point(window_aas);
然而,我收到以下错误,尽管多次搜索类似错误,但我不确定如何解释它:
File
"C:\Users\----\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\ProtParam.py",
line 68, in count_amino_acids
if self.amino_acids_content is None: AttributeError: 'str' object has no attribute 'amino_acids_content'
有人能在这里指导我正确的方向吗?另一个 class 也称为 IsoElectricpoint,但我没有在其中看到可以使用的方法:
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint-module.html
貌似isoelectric_point
是实例方法,所以需要先创建一个实例:
analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
analysis.isoelectric_point()
ProteinAnalysis
是一个 class。您在代码中所做的是尝试直接调用 class 中的方法。在 Python 中,此类函数的第一个参数是 class 对象,但您传递的是一个字符串 (window_aas
)。使用此 api 的正确方法是首先创建一个 class 对象:
protein_analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
然后你可以调用
protein_analysis.isoelectric_point()
您可以在 online docs.
中阅读更多关于这一切如何运作的信息
我正在尝试使用 BioPython 包中的方法来计算给定肽列表的等电点。 class 细分可以在这里看到:
为了将此 class 导入我的环境,我使用了以下代码(我这样做对吗?):
from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
然后,为了调用该方法,我执行以下操作:
window_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql";
ProteinAnalysis.isoelectric_point(window_aas);
然而,我收到以下错误,尽管多次搜索类似错误,但我不确定如何解释它:
File "C:\Users\----\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\ProtParam.py", line 68, in count_amino_acids if self.amino_acids_content is None: AttributeError: 'str' object has no attribute 'amino_acids_content'
有人能在这里指导我正确的方向吗?另一个 class 也称为 IsoElectricpoint,但我没有在其中看到可以使用的方法:
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint-module.html
貌似isoelectric_point
是实例方法,所以需要先创建一个实例:
analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
analysis.isoelectric_point()
ProteinAnalysis
是一个 class。您在代码中所做的是尝试直接调用 class 中的方法。在 Python 中,此类函数的第一个参数是 class 对象,但您传递的是一个字符串 (window_aas
)。使用此 api 的正确方法是首先创建一个 class 对象:
protein_analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
然后你可以调用
protein_analysis.isoelectric_point()
您可以在 online docs.
中阅读更多关于这一切如何运作的信息