如何从 slotname @data 中的 seuratobject 中过滤基因？

Question

我正在使用名为 "Seurat" 的 R 包进行单细胞 RNA-Seq 分析，我正试图从插槽名称 [=24= 中删除 seuratobject (s4 class) 中的几个基因].此对象中还有多个槽，用于存储与槽 'data' 关联的信息。插槽 'data' 的行中有基因名称，列中有细胞 ID，基因的表达值对应于矩阵中的每个细胞。我想根据唯一的基因名称删除整行，但将结果保留在对象中。

示例：

       Cell1 Cell2 Cell3  
GeneA2    5    9    2     
GeneA     3    1    0  
GeneA1    2    1    3

我想删除矩阵中的 GeneA 行。

我尝试了以下但出现错误：-

object<-SubsetRow(object@data, "GeneA", invert = TRUE)

和

GeneA<-grep(pattern = "^GeneA$", x = rownames(x = object@data), value = TRUE)
object@data<- object@data[!GeneA,]

Answer 1

让我们假设您正在使用类似于 os 随 Seurat 包加载的 pbmc_small 数据对象的东西。查看 ?SubsetRow 帮助页面上的示例：

# Installing the package:Seurat does install quite a few additonal packages
library(Seurat)
cd_genes <- SubsetRow(data = pbmc_small@raw.data, code = 'CD')
str(cd_genes)
#=================
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:209] 0 5 6 9 5 8 9 10 15 5 ...
  ..@ j       : int [1:209] 0 0 0 0 1 1 1 1 1 2 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 16 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:16] "CD79B" "CD79A" "CD19" "CD180" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:209] 1 4 1 2 4 2 2 1 1 4 ...
  ..@ factors : list()
 #===========
rownames(x = cd_genes@data)

Error in rownames(x = cd_genes@data) : no slot of name "data" for this object of class "dgTMatrix"

所以那个对象中没有@data槽

而是在 cd_genes:

上使用行名

rownames(x = cd_genes)
 [1] "CD79B"   "CD79A"   "CD19"    "CD180"   "CD200"   "CD3D"    "CD2"     "CCDC104" "CD3E"   
[10] "CD7"     "CD8A"    "CD14"    "CD1C"    "CD68"    "CD9"     "CD247"

因此，这将从该对象中删除名称 "CD200"：

> object<-SubsetRow(pbmc_small@raw.data, code="^CD200$", invert = TRUE)
> str(object)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:4453] 1 5 8 11 22 29 32 33 35 37 ...
  ..@ j       : int [1:4453] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 229 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:229] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:4453] 1 1 3 1 1 4 1 5 1 1 ...
  ..@ factors : list()
> "CD200" %in% rownames(object)
[1] FALSE
> "CD200" %in% rownames(pbmc_small@raw.data)
[1] TRUE

Seurat-objects 中有一个名为 data-named 的插槽，但是一旦您提取了它，该对象中就不再有 data-slot:

slotNames(pbmc_small)
 [1] "raw.data"     "data"         "scale.data"   "var.genes"    "is.expr"      "ident"       
 [7] "meta.data"    "project.name" "dr"           "assay"        "hvg.info"     "imputed"     
[13] "cell.names"   "cluster.tree" "snn"          "calc.params"  "kmeans"       "spatial"     
[19] "misc"         "version"  

 slotNames(pbmc_small@data)
[1] "i"        "p"        "Dim"      "Dimnames" "x"        "factors"

根据评论，问题的沟通似乎不完整。如果问题是如何修改现有的插槽值，那么只需使用 @<-，如下所示：

pbmc_small2 <- pbmc_small
pbmc_small2@data <- SubsetRow(data = pbmc_small@data, code = 'CD')

不过，我不确定它是否安全。 @data 插槽的尺寸现在与 @raw.data 插槽的尺寸不同，其他功能可能不匹配，尽管我对该结构的了解还不够确定。使用 S4 对象的安全方法是依赖包作者提供的函数，而不是使用插槽等低级内容。显然，他们希望您能够从稀疏矩阵中提取子集，但他们是否希望您将它们重新分配给槽位并不清楚。

Answer 2

试试下面的命令？

keep= c(!rownames(object) %in% c("GeneA")) object <- subset(x = object,features =c(1:(dim(object)[1]))[keep])

如何从 slotname @data 中的 seuratobject 中过滤基因？

How to filter genes from seuratobject in slotname @data?

regex

r

s4

seurat