如何在对 PDB.BIO python 中的蛋白质原子执行 Superimposer 后写回 PDB 文件

Question

我从 PDB 文件中读取并提取了原子信息，并做了 Superimposer() 以将突变与野生型进行比对。如何将原子的对齐值写回 PDB 文件？我尝试使用 PDBIO() 库，但它不起作用，因为它不接受列表作为输入。有人知道怎么做吗？

mutantAtoms = []
mutantStructure = PDBParser().get_structure("name",pdbFile)
mutantChain = mutStructure[0]["B"]

# Extract information of atoms
for residues in mutantChain:
  mutantAtoms.append(residues)

# Do alignment 
si =Superimposer()
si.set_atoms(wildtypeAtoms, mutantAtoms)
si.apply(mutantAtoms)

现在 mutantAtoms 是野生型原子的对齐原子。我需要将此信息写入 PDB 文件。我的问题是如何将对齐原子列表转换为结构并使用 PDBIO() 或其他一些方式写入 PDB 文件。

Answer 1

正如我在 PDBIO package documentation 文档 Biopython 中看到的示例：

p = PDBParser()
s = p.get_structure("1fat", "1fat.pdb")
io = PDBIO()
io.set_structure(s)
io.save("out.pdb")

似乎 PDBIO 模块需要 class Structure 的对象才能工作，这在原则上是我理解的 Superimposer 工作的对象。当你说它不接受列表时，你的意思是你有一个结构列表吗？在那种情况下，您可以简单地通过遍历结构来完成，如：

for s in my_results_list:
    io.set_structure(s)
    io.save("out.pdb")

如果你有一个原子列表，我想你可以用它创建一个 Structure 对象，然后将它传递给 PDBIO.

但是，如果不了解您的问题，就很难说得更多。你可以把你的问题放在你遇到问题的代码行上。

编辑：现在我更明白你想做什么了。所以我在一个有趣的 Biopython Structural Bioinformatics FAQ 中看到了一些关于 Structure class 的信息，这显然有点复杂。乍一看，我没有看到从头开始创建 Structure 对象的非常简单的方法，但您可以做的是修改从 PDBIO 获得的结构，用从中获得的结果替换原子列表Superimposer 然后使用相同的修改结构写入 .pdb 文件。因此，您可以尝试将 mutantAtoms 列表放入您已有的 mutantStructure 对象中。

如何在对 PDB.BIO python 中的蛋白质原子执行 Superimposer 后写回 PDB 文件

How to write back to a PDB file after doing Superimposer for atoms of a protein in PDB.BIO python

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