如何逐行删除数据帧中的 NA 变量

Question

这是我的数据框：

 structure(list(Q = c(NA, 346.86, 166.95, 162.57, NA, NA, NA, 
        266.7), L = c(18.93, NA, 15.72, 39.51, NA, NA, NA, NA), C = c(NA, 
        23.8, NA, 8.47, 20.89, 18.72, 14.94, NA), X = c(40.56, NA, 26.05, 
        3.08, 23.77, 59.37, NA, NA), W = c(29.47, NA, NA, NA, 36.08, 
        NA, 27.34, 28.19), S = c(NA, 7.47, NA, NA, 18.64, NA, 25.34, 
        NA), Y = c(NA, 2.81, 0, NA, NA, 21.18, 10.83, 12.19), H = c(0, 
        NA, NA, NA, NA, 0, NA, 0)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
        -8L), .Names = c("Q", "L", "C", "X", "W", "S", "Y", "H"))

每一行有4个NA变量，现在我想对每一行做同样的操作：

删除 NA 的那 4 个变量
计算其余4个变量的多样性（这只是涉及其余部分的一些计算，这里我使用vegan中的diversity()）
将输出附加到新的数据框

但问题是：

如何使用 dplyr 删除 NA 变量？不知道select()能不能来得及
如何对数据框的每一行应用操作？

drop_na() 似乎会删除我的数据集的整行，有什么建议吗？

Answer 1

对于 tidyverse，最好将 gather 转换为 'long' 格式，然后 spread 返回。假设我们每行正好有 4 个非 NA 元素，创建一个行索引 rownames_to_column（从 tibble），gather（从 tidyr）到 'long' 格式，删除 NA 元素，按行号分组 ('rn')，将 'key' 值更改为常用值，然后 spread 将其更改为宽格式

library(tibble)
library(tidyr)
library(dplyr)
res <- rownames_to_column(df1, 'rn') %>% 
      gather(key, val, -rn) %>% 
      filter(!is.na(val)) %>% 
      group_by(rn) %>%  
      mutate(key = LETTERS[1:4]) %>%
      spread(key, val) %>%
      ungroup %>%
      select(-rn)
res
# A tibble: 8 x 4
#      A     B     C     D
#* <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
#1  18.9  40.6 29.5   0   
#2 347    23.8  7.47  2.81
#3 167    15.7 26.0   0   
#4 163    39.5  8.47  3.08
#5  20.9  23.8 36.1  18.6 
#6  18.7  59.4 21.2   0   
#7  14.9  27.3 25.3  10.8 
#8 267    28.2 12.2   0   

diversity(res)
#      1         2         3         4         5         6         7         8 
#1.0533711 0.3718959 0.6331070 0.7090783 1.3517680 0.9516232 1.3215712 0.4697572

关于 diversity 计算，我们可以 replace NA 为 0 并应用于整个数据集，即

library(vegan)
diversity(replace(df1, is.na(df1), 0))
#[1] 1.0533711 0.3718959 0.6331070 0.7090783
#[5] 1.3517680 0.9516232 1.3215712 0.4697572

因为我们得到与第一个解决方案相同的输出

如何逐行删除数据帧中的 NA 变量

How to drop NA variables in a data frame by row

r

vegan

dplyr