使用子图时 knitr 中的意外输出

Question

我尝试将我的一些脚本从 sweave 更改为 knitr 并且发现子图在使用 knitr 时无法正确呈现，而它们在 sweave 中是正确的。我很清楚 knitr 提供了一种在 knitr header 选项中生成子图的方法，就像在这个 post 中一样，但我的问题是我有几个很长的报告，并且想 re-use 这些代码用最少的改变。另外我想了解为什么在使用knitr时，一个简单的子图示例失败。

摆动示例

在 sweave (1) 中，为了尊重标准 knitr 输出，我将图形保存在图形子目录中，并创建了两个 pdf 图形。这是要使用 sweave().

处理的 .Rnw 文件的代码

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\graphicspath{{figure/}}
\title{test for sweave}
\date{}
\begin{document}
\maketitle

<<multiplefig, echo= FALSE, results=hide>>=
    dir.create("figure",showWarnings = FALSE)
    mapply(function(X){
          pdf(paste0(getwd(),"/figure/fig-",X,".pdf"),height=6,width=6)
          plot(X,main=X)
          dev.off()
        },c(1:2))

@


\begin{figure}[htbp]
 \centering
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{fig-1}
        \caption{subcaption1}
    \end{subfigure}%
    ~ 
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{fig-2}
        \caption{subcaption2}
    \end{subfigure}
    \caption{Subfigures properly placed side by side in sweave using
    the subfigure command.}
\end{figure}
\end{document}

输出是这样的：

knitr 示例

使用 knitr，输出直接从 R 代码块生成，但是在使用subfigure命令的时候出现了问题

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\graphicspath{{figure/}}
\title{problem when using knitr}
\date{}
\begin{document}
\maketitle
<<init, include=FALSE>>=
library(knitr) 
@
<<knitrfig, fig.height=6, fig.with=6, include=FALSE>>=
    mapply(function(X)plot(X,main=X),c(1:2))
@



This is where the problem lies
\begin{figure}[htbp]
 \centering
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{knitrfig-1}
        \caption{subcaption1}
    \end{subfigure}%
    ~ 
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{knitrfig-2}
        \caption{subcaption2}
    \end{subfigure}
    \caption{With knitr the figure is not rendered properly}
\end{figure}
\end{document}

这个问题与图像的大小无关，我可以使用第一个（sweave）代码块生成的图形 fig1 和 fig2 来重现它。我认为一些加载了 knitr 的包可能是原因，如果能解决这个问题，我将不胜感激。

Answer 1

我想我明白为什么了。

首先我意识到，如果我将命令 \usepackage{Sweave} 添加到 knitr tex 输出，我就不再有那个数字问题了。在 sweave 代码中搜索，我发现它包含以下命令：

\ifthenelse{\boolean{Sweave@gin}}{\setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth}}{}%

在此 SO post 中，David Calisle 解释说使用

 \setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth,height=0.8\textheight,keepaspectratio}

将命令应用于所有以下 \includegraphics。

所以我在加载 Sweave 时对图形的宽度有限制，但我没有意识到这一点，当我尝试使用 knitr 时它不再起作用。也许这对遇到同样问题的其他人有用。我只需要将 \setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth} 添加到我的脚本中即可。

使用子图时 knitr 中的意外输出

Unexpected output in knitr when using subfigures

r

latex

knitr

sweave

摆动示例

knitr 示例