忽略 R 中热图的邻接矩阵中低于阈值的值

Question

我有一个邻接矩阵 (netm)，其同时出现的次数大多为 0。当我使用以下方法绘制热图时，我得到了下面的热图：

require(gplots)
heatmap.2(netm,col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"),
    Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

如何忽略矩阵中低于特定阈值的值？我不想在我的图形共现矩阵中绘制低于 3 的值。

数据快照（共现矩阵）

    bacardi breezer aldi    rum white   coconut
bacardi 0   2   0   1   0   0
breezer 2   0   0   0   0   0
aldi    0   0   0   1   1   0
rum 1   0   1   0   1   1
white   0   0   1   1   0   0
coconut 0   0   0   1   0   0
drinks  0   0   0   1   0   1
daniel  0   0   0   1   0   0

Answer 1

您可以将 NA 替换为不需要的值（例如 0），并将它们保留在绘图中：

netm2 <- netm
netm2[netm2 == 0] <- NA
heatmap.2(netm2, col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

或手动删除包含 NAs:

的 columns/rows

netm3 <- netm2[complete.cases(netm2), complete.cases(t(netm2))]
heatmap.2(netm3, col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

忽略 R 中热图的邻接矩阵中低于阈值的值

ignore values below threshold in adjacency matrix for heatmaps in R

r

ggplot2

heatmap

gplots