R: Package IsoGene, IsoPlot 标题错误

Question

我用的是IsoGene CRAN package, but when using the function IsoPlot，我好像不能改标题。

我只是想重现 this paper 的图 3。这是代码：

library(affy)
library(IsoGene)
data(dopamine)
express <- data.frame(exprs(dopamine))
dose <- pData(dopamine)$dose

IsoPlot(dose,express[56,],type="ordinal", add.curve=TRUE)

他们在论文中为这段代码显示的图片是这样的：

但是，我得到了这个，这可能是包中的一个 bug:

你看基因名称没有出现，我没办法显示它，因为 IsoPlot 不接受 "main" 参数。

所以有人知道如何更改 IsoPlot 的标题，或者至少让它像他们论文中的示例一样正确显示基因名称吗？

谢谢！

Answer 1

如果您查看函数代码（通过在控制台中键入 IsoPlot），您可以看到该函数的最后一行是：

title(paste("Gene: ", row.names(y), sep = ""))

这应该会给你想要的标题，因为 row.names(express[56,]) returns 256_at.

但是，如果您查看函数 body 的第一行，您会看到：

y <- as.numeric(y)

这会将 IsoPlot 的 y 参数转换为数值向量，并在此过程中去除行名称。因此，当需要在末尾添加标题时，row.name(y) 等于 NULL 并且不会打印任何内容。所以我同意这是一个错误。您可以提交错误报告让软件包作者知道，希望他们能改正它。

目前，作为解决方法，您可以修改该函数。为此，从控制台复制函数代码并将其粘贴到 R 脚本中。然后给函数起个名字，让函数的第一行看起来像这样：

myIsoPlot = function (x, y, type = c("continuous", "ordinal"), add.curve = FALSE) {

将此添加为函数的第一行（在 y <- as.numeric(y) 之前）：

my_title = row.names(y)

将函数的最后一行更改为：

title(paste("Gene: ", my_title, sep = ""))

现在加载函数，然后运行它：

myIsoPlot(dose, express[56,], type="ordinal", add.curve=TRUE)

如果您不想修改函数，这里有一些技巧：您可以 "cover" 使用白色矩形的默认标题，然后添加您自己的标题。但是你需要手动放置白色矩形（你可以编写代码来自动化它，但它可能比仅仅修改 IsoPlot 函数更工作）：

IsoPlot(dose, y=express[56,], type="ordinal", add.curve=TRUE)

# White rectangle to cover default title
rect(0, 11, 10, 15, xpd=TRUE, col="white", border="white")

# New title
title(paste("Gene:", row.names(express[56,])))

R: Package IsoGene, IsoPlot 标题错误

R: Package IsoGene, IsoPlot title error

plot

r

title