从 R 中的条形图中删除线条

Question

我使用 RStudio 为宏基因组数据创建了条形图

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

但是我在 bar.I 中得到线条需要没有任何线条的清晰条。怎么做？

图书馆("phyloseq");包版本（"phyloseq"）

图书馆("biomformat");包版本（"biomformat"）

图书馆("ggplot2");包版本（"ggplot2"）

图书馆("phyloseq");包版本（"phyloseq"）

图书馆("biomformat");包版本（"biomformat"）

图书馆("ggplot2");包版本（"ggplot2"）

biom1 = biomformat::read_biom(biom_file = "otu_table.json.biom")

mp0 = import_biom(biom1, parseFunction = parse_taxonomy_greengenes)

tax_table(mp0) <- tax_table(mp0)[ 1:7]

treeFile1 = "rep_set.tre"

tree1 = read_tree(treeFile1)

树1

class(树1)

mp2 = merge_phyloseq(mp1, tree1) mp2 repseqFile = "seqs_rep_set.fasta"

bs1 = Biostrings::readDNAStringSet(repseqFile) 名称(bs1) <- gsub("\s.+$", "", 名称(bs1))

sum(名称(bs1) %in% taxa_names(mp2)) mp3 = merge_phyloseq(mp2, bs1)

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

Answer 1

phyloseq 包中的

plot_bar 使用 ggplot 进行绘图。您可以通过在控制台中键入 plot_bar 来查看 plot_bar 的代码，这会产生：

function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
          facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

如您所见，该函数包含以下语句：

geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")

color="black" 参数是导致黑线的原因。这是一个非常基本的条形图，您可以根据以下代码创建自己的函数：

library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

请注意，唯一的变化是我删除了 color="black"。您现在可以运行 my_plot_bar 而不是 plot_bar 并获得没有黑线的条形图。

my_plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

从 R 中的条形图中删除线条

Removing lines from barplot in R

r

qiime